一、物流中心税收政策优惠多多
物流中心作为海关监管的特殊区域，不仅在海关政策管理方面享有特殊待遇，在税收管理方面亦有特殊性。综合来看，这种区域对出口企业的贸易经营具有一定的导向性作用。
1、物流中心外企业报关进入物流中心的货物视同出口，由海关办理出口报关手续，签发出口货物报关单（出口退税专用）；物流中心外企业从物流中心运出货物，海关按照对进口货物的有关规定，办理报关进口手续，并对报关的货物按照现行进口货物的有关规定征收或免征进口环节的增值税、消费税。其中物流中心外企业是指具有进出口经营权的企业（包括外贸公司、外商投资企业和具有进出口经营权的内资生产企业），以及委托具有进出口经营权的企业报关出口的无进出口经营权的生产企业。
2、物流中心外企业销售给物流中心内企业并运入物流中心供中心内企业使用的国产设备、原材料、零部件、元器件、包装物料，以及建造基础设施、加工企业和行政管理部门生产、办公用房的基建物资，物流中心外企业可凭海关签发的出口货物报关单（出口退税专用）和其他现行规定的出口退税凭证，向税务机关申报办理退（免）税。
3、对物流中心内企业在物流中心内加工的货物，凡货物直接出口或销售给物流中心内其他企业的，免征增值税、消费税。
4、对物流中心企业之间或物流中心与出口加工区、区港联动之间的货物交易、流转，免征流通环节的增值税、消费税。
5、物流中心内生产性外商投资企业，减按15%的税率征收企业所得税。其中，经营期10年以上的，从开始获利的年度起，第1年和第2年免征企业所得税，第3年至第5年减半征收企业所得税。
由此可以看出，物流中心的税收政策对于物流中心内企业有关联企业或是集团成员企业在中心外，且在中心内生产的产品主要用于出口，或者开展加工贸易业务的企业是非常有利的。
二、物流中心扩大试点投资企业受益多多
物流中心集保税仓储、国际物流配送、简单加工和增值服务于一体，并兼有检验检测、进出口贸易和转口贸易、商品展示、物流信息处理、口岸、入物流中心出口退税等功能，所以，在我国扩大发展B型保税物流中心，不但有利于引进跨国公司、知名企业、国际新兴产业等大型项目的投资，而且能进一步提高招商引资的档次和水平，有效整合物流资源，推进物流中心建设，促进供应链形成，加快产业结构优化。一是进入物流中心的货物视同出境，减少了实际离境货物的报关时间。二是物流中心内企业进入境内的货物视同进口，按保税货物对待，物流中心的内、外企业均受益。三是内资企业不用为了节税或退税，再采用“境外一日游”的作法去周转货物，直接通过物流中心出口就能实现退税。
三、物流中心内、外企业税收筹划多多
税收政策的优惠给投资企业带来的税收筹划也各不相同，特别是在出口退税率下调之后，征、退税率之差变大，企业更应权衡利弊。
1、同等条件下，物流中心内企业利润高于中心外企业。如，物流中心内一家生产玻璃制品的出口企业，在2007年7月1日出口退税率调整前，退税率为13%，调整后为5%，征税率为17%，征、退税率之差为12%.假设在9月份出口销售收入11000万元，原材料从物流中心外企业购进，其成本300万元。
（1）若在物流中心外生产出口，其征退税率之差结转成本为l1000×（17%一5%）=120万元，利润为11000-（300+120）=580（万元）。
（2）若在物流中心内生产并出口，其成本为300×[1+（17%-5%）]=336万元，利润为l1000-336=664（万元）。因为，物流中心内企业在购进中心外企业货物时，其中心外企业已按5%退税，故中心内企业负担成本12%（17%-5%）。
从上例可以看出，中心内企业利润比中心外企业的利润高，且征、退税税率之差越大，差额越高。
2、投资企业进入物流中心，有利于降低生产成本。投资企业进入物流中心后，企业从国内采购原材料，减少了出口退税环节，加快了企业的资金周转，降低了采购成本，可以利用更多的资金去从事技术创新和扩大生产，提高商品的竞争力。
3、新《企业所得税法》为内资企业进入物流中心提供了有利条件。新颁布的《企业所得税法》规定内外资企业统一适用25%的企业所得税率，这标志着内资企业与外资企业具有平等的进入物流中心的机会；同时，若内资企业是高新技术企业，同样可以享受与外资高新技术企业同等的其他优惠政策，这为内资企业提供了进入物流中心的良好契机。
4、促进了国内进料深加工结转业务的开展。目前，我国对国内进料深加工结转业务在税收方面没有明确的规定，对此类业务全国大部分地区暂时执行免税政策，对其所耗用的国内原辅材料的进项税不予抵扣，这样就使一些耗用国内原辅材料较多的企业的成本加大。而根据规定，物流中心外企业销售给物流中心内企业的原材料等可以申报办理退税。因而，如果下游企业设在物流中心内，上游企业就可以按照规定实行出口退税，而下游企业也可以享受物流中心内的相关政策，将会有效地避免“境外一日游”现象的发生。
四、物流中心外企业办理退税注意的事项
1、物流中心外企业将货物销售给物流中心内企业的，或物流中心外企业将货物销售给境外企业后，境外企业将货物运入物流中心内企业仓储的，物流中心外企业凭出口发票、出口货物报关单（出口退税专用）、增值税专用发票（外贸企业提供）、出口收汇核销单（出口退税专用）等凭证，按照现行有关规定申报办理退（免）税。
2、对物流中心外企业销售给物流中心内企业并运入物流中心供物流中心内企业使用的实行退（免）税的货物，物流中心外企业应按海关规定填制出口货物报关单，出口货物报关单“运输方式”栏为“物流中心”。
3、对物流中心外企业销售并运入物流中心的货物，一律开具出口销售发票，不得开具增值税专用发票或普通发票。
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