费用扣除问题，关乎企业经营核算，影响企业财务人员的操作实务，一直是企业算税的关注重点，也是税法逐步完善中不断被提及并探讨的问题。
手续费及佣金含义
国税发[2000]84号文对内资企业的规定原国税发[2000]84号文对佣金的税前扣除做过规定，第53条是这样明确的，纳税人发生的佣金符合下列条件的，可计入销售费用：
1.有合法真实凭证。
2.支付的对象必须是独立的有权从事中介服务的纳税人或个人（支付对象不含本企业雇员）。
3.付给个人的佣金，除另有规定者外，不得超过服务金额的5%。
国税发[1999]242号文对外资企业的规定《关于从事房地产业务的外商投资企业若干税务处理问题的通知》（国税发[1999]242号）第2条明确规定：上述外商投资企业向境外代销、包销企业支付的各项佣金、差价、手续费、提成费等劳务费用，应提供完整、有效的凭证资料，经主管税务机关审核确认后，方可作为外商投资企业的费用列支。但实际列支的数额，不得超过房地产销售收入的10%。
财税[2009]29号文的新规定该《通知》对“手续费及佣金”的新规定，与原规定是不一致的。主要表现在以下两方面：将名称与内容进行了扩展。
原规定仅仅指销售佣金，而新规定不仅包括销售佣金，而且还包括生产经营的手续费及佣金。因此，现在的税前扣除项目是“手续费及佣金”。
手续费及佣金的定义发生变化。至少包括：企业实际发生的；与企业的生产经营相关的；需要签订书面合同或协议；签订合同或协议的单位或个人应该具有“中介服务”的经营范围以及中介服务资格证书；签订合同或协议的单位或个人，不包括交易双方及其雇员、代理人和代表人等。
税前扣除条件
根据该《通知》的精神，一般企业实际发生的手续费及佣金的税前扣除，必须满足以下条件：
其一，支付的手续费及佣金必须符合上述的5个条件。
其二，支付的手续费及佣金数额，不得超过所签订服务协议或合同确认的收入金额的5%。
其三，支付手续费及佣金的形式，除委托个人代理外，不得以现金等非转账方式支付。
财政部、国家税务总局联合发文对费用支付形式进行规范，可以说是极其少见的，这应该引起纳税人的高度重视。
从上述可见，凡是一般企业实际支付的手续费及佣金，未满足上述条件之一的，均不得在税前扣除。
发行权益性证券的特殊处理
该《通知》明确规定，企业为发行权益性证券支付给有关证券承销机构的手续费及佣金不得在税前扣除。
按照新企业会计准则的规定，与发行权益性证券直接相关的手续费、佣金等交易费用，借记“资本公积——股本溢价”等科目，贷记“银行存款”等科目。
也就是说，对于企业为发行权益性证券支付给有关证券承销机构的手续费及佣金的会计处理与税务处理是一致的，即均不得计入成本费用，应该在企业的“所有者权益——资本公积”中列支。
企业发行股票等权益性证券支付给有关证券承销机构的手续费及佣金不得在税前扣除，而发行企业债权等债务性证券支付给有关证券承销机构的手续费及佣金是可以税前扣除的。因此，企业在进行筹融资决策时，必须考虑发行股票与债券的手续费及佣金的税前扣除问题。
会计核算应关注的问题
按照该《通知》的精神，企业应该在“销售费用”会计科目下增设“手续费及佣金”明细费用项目，专门核算企业实际支付的手续费及佣金。
同时，企业在会计核算时，必须关注以下问题：
1.企业必须分清“手续费及佣金”与回扣、业务提成、返利和进场费等费用的界限，不得将“手续费及佣金”支出计入回扣、业务提成、返利和进场费等费用，以逃避税前扣除的相关限制。
2.企业必须分清资本性支出与费用化开支的界限。凡是应该计入固定资产、无形资产等相关资产的手续费及佣金支出，不得计入当期的销售费用而一次性税前扣除，必须按照企业会计准则的规定，通过折旧、摊销等方式分期扣除。
某工业企业拟通过竞拍方式获取土地一宗，用于自建厂房。2009年2月18日该企业通过竞拍成功获取土地40亩，其土地价款为1亿元。按照与拍卖公司签订的《拍卖合同》约定，该公司应该支付土地拍卖佣金200万元给拍卖公司。
这200万元的拍卖佣金，按照企业会计准则的规定，应该计入“无形资产——土地使用权”，构成土地价值的组成部分，按照土地使用年限分年摊入成本费用而于税前扣除。
如果该企业将200万元的拍卖佣金计入了2009年的当期费用，按照财税[2009]29号文规定，是不可以税前扣除的。
3.企业必须如实核算收入与支出，不得将应该支付的手续费及佣金直接冲减服务协议或合同金额。
某房地产开发企业与××营销代理公司签订了《商品房委托代理销售合同》，合同中约定销售总金额为3亿元，房产公司支付销售佣金600万元（占合同金额的2%）。
正确的处理方式是：营销代理公司将商品房销售款3亿元按照合同约定支付给房产公司，而房产公司也支付销售佣金600万元，并取得合规的票据，房产公司支付的佣金完全是可以税前扣除的。
但是，如果营销代理公司将销售佣金600万元从应该支付的商品房销售款3亿元中扣除，仅仅支付房产公司2.94亿元，房产公司按照2.94亿元作为销售收入处理。那么，按照规定，房产公司的收入是不能以抵减销售佣金后金额进行处理的，明显存在涉税风险。
