九、2008年工资税前扣除方式改变的前后税收衔接问题
根据国税函[2009]3号文《关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》第一条规定，工资薪金按实际发放为原则。企便函[2009]33号文据此明确，企业对2007年度计提并已进行税前扣除的工资，如果在2008年度实际发放时再次进行税前扣除，应进行纳税调整，并要求各地税务机关在本阶段复核中作为重点复核的政策要点，督促企业进行自查调整。
这里我们要注意，根据国税函[2009]3号文，允许扣除的“合理的工资薪金”，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资薪金制度规定，实际发放给员工的工资薪金。企业2007年度计提并已进行税前扣除的工资，以及2007年的计税工资超支的部分，都不得在2008年度税前扣除。但对2008年度发放的属于2007年工资，如果该工资在2007年度并未税前扣除，则应允许在2008年度实际发放时作税前扣除。
十、企业向退休人员发放的补助的税前扣除问题
根据新企业所得税法实施条例第三十四条及国税发[2000]84号文第十八条规定，企业可在税前扣除的工资薪金支出，是指企业每一纳税年度支付给在本企业任职或者受雇的员工的所有现金形式或者非现金形式的劳动报酬。企业退休人员不属在本企业任职或者受雇的员工，因此，向其支付的补助不得在税前扣除。同时，根据个人所得税法第四条，按照国家统一规定发放的职工退休工资免征个人所得税。退休人员从企业取得的补助显然并不属退休工资。国税函[2008]723号文《关于离退休人员取得单位发放离退休工资以外奖金补贴征收个人所得税的批复》明确，离退休人员除按规定领取离退休工资或养老金外，另从原任职单位取得的各类补贴、奖金、实物,不属于《中华人民共和国个人所得税法》第四条规定可以免税的退休工资、离休工资、离休生活补助费，因此离退休人员从原任职单位取得的这些收入，应在减除费用扣除标准后，按“工资、薪金所得”应税项目缴纳个人所得税。企便函[2009]33号文再次明确了企业向退休人员发放补助所得税处理原则，即企业向退休人员发放的补助，在企业所得税前不得税前扣除，同时应对退休人员取得的补助按规定扣缴个人所得税。
十一、保险企业对无保险营销证营销员发放佣金税前扣除的企业所得税问题
新税法实施前，内资保险企业营销员佣金税前扣除主要主依据是国税发[1999]169号文《关于保险企业所得税若干问题的通知》，该文除了规定保险企业手续费和佣金的扣除限额，还具体明确代理手续费是指企业向受其委托，并在其授权范围内代为办理保险业务的保险代理人支付的费用；佣金是指公司向专门推销寿险业务的个人代理支付的费用。新税法实施后，财税[2009]29号文《关于企业手续费及佣金支出税前扣除政策的通知》明确了保险企业手续费及佣金支出的扣除限额，并规定支付对象应是具有合法经营资格的中介服务企业或个人，且要求与之签订代办协议或合同，并按国家有关规定支付手续费及佣金。无保险营销证的营销员显然不符合财税[2009]29号文规定的具有合法经营资格的中介服务企业或个人。基于此，企便函[2009]33号文明确，保险企业对无保险营销证营销员发放佣金，在2008年1月1日前可以税前扣除。但2008年1月1日以后则不得在税前扣除。
十二、金融企业向职工提供优惠利率贷款的企业所得税问题
根据营业税暂行条例实施细则第十五条规定，纳税人发生应税行为，如果将价款与折扣额在同一张发票上注明的，以折扣后的价款为营业额；如果将折扣额另开发票的，不论其在财务上如何处理，均不得从营业额中扣除。企便函[2009]33号文据此明确，金融企业给职工的优惠利率贷款，应按金融企业当月市场同类贷款利率取得的利息收入征收营业税，同时应按当月市场同类贷款利率取得的利息收入对企业所得税进行纳税调整。
这里我们应注意，企便函[2009]33号文的这一规定，实际上是将金融企业给职工的优惠利率贷款，视同给予职工贷款的折扣额。但是，纳税人提供营业税应税行为时发生的折扣额，企业所得税如何处理目前并无明确的文件依据，企便函[2009]33号文以营业税法规为依据来规范企业所得税的处理，实际上是不合适的。
十三、金融保险企业开展的以业务销售附带赠送实物的行为所得税处理
根据国税函[2008]828号文《关于企业处置资产所得税处理问题的通知》规定，企业将资产用于市场推广或销售而移送他人，因资产所有权属已发生改变而不属于内部处置资产，应按规定视同销售确定收入：属于企业自制的资产，应按企业同类资产同期对外销售价格确定销售收入；属于外购的资产，可按购入时的价格确定销售收入。企便函[2009]33号文又规定，金融保险企业开展的以业务销售附带赠送实物的行为，属于企业广告费和业务宣传费支出，可以按规定比例税前扣除。因此，金融保险企业开展的以业务销售附带赠送实物的行为，应当作为两种事项进行企业所得税处理：首先应按视同销售调整应纳税所得额，然后再对该项支出按企业发生的广告费和业务宣传费进行纳税调整。
这里我们还应注意两个问题：
1、国税函[2008]875号文《关于确认企业所得税收入若干问题的通知》曾规定，企业以买一赠一等方式组合销售本企业商品的，不属于捐赠，企业应将总的销售金额按各项商品的公允价值的比例来分摊确认各项的销售收入。但金融保险企业开展的是营业税应税劳务赠送实物，因此不属于国税函[2008]875号文所说的非捐赠行为；
2、金融保险企业开展的以业务销售附带赠送实物行为，并不涉及流转税。因为金融保险企业开展的以业务销售附带赠送实物的行为属于营业税混合销售行为，不涉及增值税；而营业税的应税劳务是指有偿提供的应税劳务，由于其附带赠送实物的行为是无偿赠与他人，因此也不属于营业税征收范围，不征收营业税。
3、金融保险企业开展的以业务销售附带赠送个人实物的，企便函[2009]33号文同时明确应按规定扣缴个人所得税。没有明细赠送记录，无法按人扣缴个人所得税的，按合理比例统一扣缴个人所得税。
十四、企业与其他企业或个人共用水、电，无法取得水、电发票的所得税处理
目前纳税人在实务中大量存在水、电转供业务，如企业将闲置的厂房出租给其他单位使用，承租单位向出租单位有偿提供水、电。实务中令广大纳税人困扰的主要是水、电转供业务中票据的开据与取得问题。目前很多地方结合实际出台了一些切实可行的办法，如有的地方规定出租方可以开具或申请代开增值税专用发票给承租方，这样既解决了承租方购进水电的增值税进项税额抵扣问题，同时承租方购进水、电的税前扣除也能取得合法的凭证，但这样的处理会增加出租方的增值税税负，出租方如果是一般纳税人，转供的电要缴纳17%的增值税，转供的自来水要缴纳13%的增值税，即使是小规模纳税人也要按3%征收率征收增值税；也有的出租方将取得的自来水公司票据复印交给承租方，并附以经双方确认的用水、电量分割单等凭证。这样的处理虽然出租人不会增加增值税税负，但承租人不能获得进项税额抵扣凭证，同时支付水、电费取得发票复印件及水、电量分割单等凭证在所得税前能否扣除也存在一定风险。企便函[2009]33号文对此明确，企业与其他企业或个人共用水、电，无法取得水、电发票的，以双方的租用合同、电力和供水公司出具给出租方的原始水、电发票或复印件、经双方确认的用水、电量分割单等凭证，可以据实进行税前扣除。
十五、企业因解除劳动关系向职工支付的经济补偿、生活补助等支出所得税处理。
企便函[2009]33号文规定，企业因解除劳动关系向职工支付的经济补偿、生活补助等支出，应根据财税字[1997]22号文《关于企业收取和交纳的各种价内外基金（资金、附加）和收费征免企业所得税等几个政策问题的通知》第三条规定，按劳动部关于《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》规定支付给职工的经济补偿金，可在企业所得税税前扣除。
这里我们应注意几个问题：
1、根据《企业会计准则第9号—职工薪酬》，企业在职工劳动合同到期之前解除与职工的劳动关系，或者为鼓励职工自愿接受裁减而提出给予补偿的建议，在满足一定条件时，应当确认因解除与职工的劳动关系给予补偿而产生的预计负债，同时作为“管理费用”计入当期损益。但在税法上，允许扣除的工资薪金必须是已经实际发放，因此企业按照会计准则计提的辞退福利在实际发放前不能作税前扣除处理；
2、国税函[2001]918号文《关于企业支付给职工的一次性补偿金在企业所得税税前扣除问题的批复》曾规定，企业对已达一定工作年限、一定年龄或接近退休年龄的职工内部退养支付的一次性生活补贴，以及企业支付解除劳动合同职工的一次性补偿支出（包括买断工龄支出）等，原则上可以在企业所得税税前扣除。各种补偿性支出数额较大，一次性摊销对当年企业所得税收入影响较大的，可以在以后年度均匀摊销。但新税法实施后，对企业给予职工一次性补偿并无递延摊销的规定，因此，企业因解除劳动关系向职工支付的经济补偿、生活补助等支出，应在实际支付时一次性予以税前扣除；
3、企业因解除劳动关系向职工支付的经济补偿、生活补助等，还应按有关规定代扣代缴个人所得税。根据财税[2001]157号文《关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》规定，个人因与用人单位解除劳动合同关系而取得的一次性补偿收入(包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费用)，其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过的部分再按照国税发[1999]178号文《关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税的通知》规定，计算征收个人所得税。即个人领取一次性补偿收入时，超过当地上年职工平均工资3倍数额部分，先扣除按照国家和地方政府规定比例实际缴纳的住房公积金、医疗保险费、基本养老保险费、失业保险费，其余额除以个人在本企业的工作年限数（超过12年的按12年计算），以其商数作为个人的月工资、薪金收入，按照税法规定计算缴纳个人所得税。
十六、本次企业自查调增调减的处理。企便函[2009]33号文明确：本次企业自查调增的应纳税所得额可以弥补以前年度亏损，调减的应纳税所得额，若有多缴所得税的则暂不办理退税，抵减以后年度应纳税额。这里需要注意两个问题：
1、关于本次企业自查调增的应纳税所得额可以弥补以前年度亏损。国税发[1997]181号文《关于企业所得税若干业务问题的通知》曾规定，纳税人查增的所得额不得用于弥补以前年度的亏损。该规定是指企业纳税人进行汇算清缴后，税务机关检查调增的应纳税所得额，而不包括纳税人根据有关规范性文件自行调整的数额，而且本次企业自查调增的是本年度而非以前年度应纳税所得额，因此可以弥补以前年度亏损。当然这里还应注意企业所得税法第十八条的规定，即企业纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过五年。
2、关于调减应纳税所得额涉及多缴所得税的处理。根据《税收征收管理法》第五十一条规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的法规退还。国税发[2009]79号《企业所得税汇算清缴管理办法》第十一条也规定，纳税人在纳税年度内预缴企业所得税税款少于应缴企业所得税税款的，应在汇算清缴期内结清应补缴的企业所得税税款；预缴税款超过应纳税款的，主管税务机关应及时按有关规定办理退税，或者经纳税人同意后抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。企便函[2009]33号文关于调减应纳税所得额涉及多缴所得税的处理与上述文件并不完全符合。当然，企便函[2009]33号文只是国家税务总局大企业司针对最近部分定点联系企业税收自查工作过程中反映出的有关问题适用税收政策的回复，并不普通适用纳税人，因此本条规定应仅适用于此次自查所涉及的企业。
