新《企业所得税法》已经实施一年多，该法对促进我国经济增长方式转变和产业结构升级，提高区域经济协调发展起到了明显的促进作用，但在实施过程中也暴露出一些新问题。
在应纳税所得额方面，新税法实施以来，陆续出台了《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》、《特别纳税调整实施办法》、《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》等一系列配套政策，但还有很多细节并未明确。例如，房地产开发企业计税毛利率和预计计税毛利率如何测算缺乏说明，《企业所得税法实施条例》规定企业发生的合理劳动保护支出准予扣除，但具体包括哪些合理劳动保护支出没有明确。这些都使得征纳双方甚至国税、地税部门在执行政策时形成截然相反的意见，给新税法的实施带来阻碍。
在资产税务处理方面，实施条例对固定资产的认定标准仅为“使用时间超过1年”这样一个单一的时间标准，使得征纳双方对固定资产的认定出现分歧。目前，科研开发准备金制度在许多国家都普遍运用。如新加坡规定，符合条件的公司经批准可以按应税所得额的20%提取科研开发准备金。韩国规定，可按照销售收入总额的3%在税前提取技术研发基金。而我国在新税法中还没有研发准备金制度。
在税收优惠方面，新税法规定对于企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定实行100%扣除的基础上，再按照研究开发费用的50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。这项政策与经济合作与发展组织成员国相比，加计扣除的比例偏低，如印度对研发投资可按照125%的投入比例扣除应缴税款；加拿大的经常性研究与开发支出和资本性研究与开发支出都可以在发生当年或以后任何年度冲销。
在征收管理方面，目前对全国范围的分支机构没有统一的认定规定。管理办法仅规定“分支机构注销后15日内，总机构应将分支机构注销情况报主管税务机关备案”。对于现有的和新设的分支机构都没有规定认定的时限，这就造成一些总机构和分支机构故意拖延认定时间，给跨地区经营汇总纳税征管增加了难度。
鉴于上述问题，笔者认为应建立健全企业所得税制度体系。其中主要包括：完善应纳税所得额有关政策，健全工资、薪金扣除制度。结合劳动部门的法律法规，以部门规章形式明确界定招工、合同签订、工资计酬办法等内容，确定员工人数和合理工资总额的计算方法。完善公益捐赠扣除政策。对捐赠按项目划分全额扣除和限额扣除，改变不分项目“一刀切”的做法，委托公益性社会团体开户银行代开捐赠证明，方便捐赠者及时取得减免证据。
完善资产处理有关政策。改变固定资产管理方法，恢复和增设固定资产单位价值限额条件，对价值低而使用期限长的固定资产仍作为低值易耗品允许一次性或分期扣除，并明确加速折旧的具体适用范围。建立研发准备金制度，按照销售收入的一定比例提取技术开发准备金并准予税前扣除，但应规定准备金必须在一定期限内用于研究开发、技术革新和技术改造等，如逾期不用或挪作他用的，应当补税并加收利息。
完善税收优惠政策。放宽小型微利企业的税收优惠条件，将小型微利企业的税率优惠政策放宽到所有微利企业。提高研发费用加计扣除比例，可以将加计扣除比例提高到100%，确定当年不足抵扣的可结转以后年度，明确联合开发和委托开发项目的研发经费也可加计扣除。
完善总分机构企业所得税征管。如细化分支机构分级认定办法，制定专门的建筑安装、房地产类企业总分机构税收管理配套制度，按照法人所得税制原则，由总机构统一汇总缴纳企业所得税等。
