近日，国家税务总局出台《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函[2010]79号），文件第三条明确了关于股权转让所得确认和计算问题，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
转让股权纳税义务发生时间
股权转让是股东行使股权经常而普遍的方式，我国《公司法》规定股东有权通过法定方式转让其全部出资或者部分出资。根据《合同法》第四十四条第一款的规定，股权转让合同自成立时生效。但股权转让合同的生效并不当然等同于股权转让生效。按照我国法律，股权转让合同的生效是指对合同当事人产生法律约束力的问题，股权转让的生效是指股权何时发生转移，即受让方何时取得股东身份的问题。国税函[2010]79号文件明确了股权转让所得纳税义务发生时间是转让股权生效，且完成股权变更手续时。可以这样认为，股权转让所得的实现，税法更看重股权登记，即使股权转让合同已经签订，只要股权变更手续没有变更，企业当年也不确认股权转让所得。这也符合《物权法》的有关规定，其第二十三条规定，动产物权的设立和转让，自交付时发生效力，但法律另有规定的除外。
股权成本可以先予扣除
取得股权所发生的成本可以扣除，在新旧所得税法下都是一致的条款。在原企业所得税法下，国家税务总局颁布的《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）其第二条第二款规定，企业股权投资转让所得或损失是指企业因收回、转让或清算处置股权投资的收入减除股权投资成本后的余额。企业股权投资转让所得应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。2008年新企业所得税法实施后，《企业所得税法实施条例》第七十一条规定：“企业所得税法第十四条所称投资资产，是指企业对外进行权益性投资和债权性投资形成的资产。企业在转让或者处置投资资产时，投资资产的成本，准予扣除。投资资产按照以下方法确定成本：1.通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本；2.通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本。”
财政部、国家税务总局适应新企业所得税法变化出台了《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）就企业合并的相关业务进一步进行了明确。财税[2009]59号文件第四条第三项规定了一般性税务处理中企业股权收购、资产收购重组交易，相关交易应按以下规定处理：1.被收购方应确认股权、资产转让所得或损失。2.收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定。3.被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。例如，A企业合并B企业，B企业被合并时账面净资产为1000万元，评估公允价值为1500万元。B企业股东收到合并后新企业股权1500万元。此合并中，A企业接受B企业的净资产按公允价值1500万元作为计税基础。B企业资产评估增值500万元需要按规定缴纳企业所得税，税后按清算分配处理。
一般股权转让所得不扣除留存收益
国税函[2010]79号文件规定，企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。国税发[2000]118号文件也曾有一般股权交易中，留存收益不允许扣减的表述，第二条规定，被投资企业对投资方的分配支付额，如果超过被投资企业的累计未分配利润和累计盈余公积金而低于投资方的投资成本的，视为投资回收，应冲减投资成本；超过投资成本的部分，视为投资方企业的股权转让所得，应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函[2009]698号）对非居民境外转让股权所得规定中也已经有类似规定，文件第三条规定，股权转让所得是指股权转让价减除股权成本价后的差额。股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币资产或者权益等形式的金额。如被持股企业有未分配利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。
例如：某企业股权投资成本为5000万元，在被投资企业有3000万元的留存收益份额，该企业将股权转让，转让价格为10000万元。按照规定，股权转让所得应该为10000－5000＝5000（万元），虽然留存收益3000万元在企业属于税后收益，但是不能在所得额中扣减。
扣除留存收益的特殊情形
当然，股权转让所得中也有个别可扣除留存收益的特殊情况，在实际业务中要注意区分。比如企业清算时，股东分得的剩余资产，可以扣减留存收益。《企业所得税法实施条例》第十一条第二款规定，投资方企业从被清算企业分得的剩余资产，其中相当于从被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中应当分得的部分，应当确认为股息所得；剩余资产减除上述股息所得后的余额，超过或者低于投资成本的部分，应当确认为投资资产转让所得或者损失。还有国家税务总局发布《关于企业股权转让有关所得税问题的补充通知》（国税函[2004]390号）规定，企业进行清算或转让全资子公司以及持股95%以上的企业时，投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积应确认为投资方股息性质的所得。为避免对税后利润重复征税，影响企业改组活动，在计算投资方的股权转让所得时，允许从转让收入中减除上述股息性质的所得。
