为保证《企业所得税法》及其实施条例的平稳运行，2009年上半年，国务院财政、税务主管部门陆续出台了40多个有关企业所得税的政策文件。现在我们就其中主要的政策进行一下梳理和盘点。
一、税收优惠政策
第一，企业所得税优惠政策的管理方式进一步规范。列入企业所得税优惠管理的优惠类型包括：免税收入、定期减免税、优惠税率、加计扣除、抵扣应纳税所得额、加速折旧、减计收入、税额抵免和其他专项优惠政策。企业所得税减免税实行审批管理的内容为：国务院明确的企业所得税过渡类优惠政策、执行新税法后继续保留执行的原企业所得税优惠政策、新《企业所得税法》第二十九条规定的民族自治地方企业减免税优惠政策以及国务院另行规定实行审批管理的企业所得税优惠政策（目前主要包括西部大开发税收优惠和下岗再就业税收优惠）。企业所得税备案管理的方式划分为事前备案和事后备案两种，对需要事先向税务机关备案而未按规定备案的，纳税人不得享受税收优惠。对事后备案事项，纳税人可自行享受税收优惠，并在年度纳税申报时附报相关资料。但经税务机关审核不符合条件的，取消纳税人自行享受的优惠，并追缴相应的税款。
第二，新、老优惠政策的过渡衔接规定得到明确。一是企业所得税过渡优惠政策与《企业所得税法》及其实施条例中规定的定期减免税和减低税率类的税收优惠存在交叉情形的，只能由企业选择最优惠的政策执行，不得叠加享受，且一经选择，不得改变。但《企业所得税法》及其实施条例中规定的各项税收优惠，凡企业符合规定条件的，可以同时享受。二是企业在2007年3月16日之前设立的分支机构如果单独依据原内、外资企业所得税法的优惠规定已享受有关税收优惠，凡符合国发[2007]39号文件所列政策条件的，该分支机构可以单独享受39号文件规定的企业所得税过渡优惠政策。除此之外，新《企业所得税法》下所有的优惠政策均应当由法人纳税人统一享受。如：经营期限在10年以上的生产性外商投资企业，从获利年度起“两免三减半”的优惠政策可以由2007年3月16日前设立的分支机构单独申请享受。三是享受过渡优惠政策及西部大开发优惠政策的企业，在定期减免税的减半期内，可以按照企业适用税率计算的应纳税额减半征税。除此之外，其他各类情形的定期减免税，均应按照企业所得税25%的法定税率计算的应纳税额减半征税。
第三，单项优惠政策的具体适用规定进一步细化。分别对企业安置残疾人员就业所支付的工资加计100%扣除、企业从事国家重点扶持的公共基础设施项目的投资经营所得“三免三减半”、企业综合利用资源生产的符合条件的产品收入减计10%、居民企业符合条件的技术转让所得减免企业所得税等优惠政策具体适用的资格条件、会计核算标准、优惠时间、备案手续、法律责任以及后续管理等方面作了具体细化，为纳税人申请和基层执行相关优惠政策提供了操作指南。
第四，明确了核定征收企业不得享受小型微利企业税收优惠。小型微利企业税收优惠适用于具备建账核算自身应纳税所得额的企业。核定征收企业所得税的企业，在不具备准确核算应纳税所得额的条件下，暂不适用小型微利企业优惠税率。在小型微利企业的认定条件上，从业人数是指与企业建立劳动关系的职工人数和企业接受的劳务派遣用工人数之和。从业人数和资产总额指标，按企业全年月平均值确定。
二、税前扣除政策
第一，“合理工资薪金”的概念和原则得到明确。“合理工资薪金”，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制定的工资薪金制度规定实际发放给员工的工资薪金。具体掌握原则包括：企业制定了较为规范的员工工资薪金制度，企业制定的工资薪金制度符合行业及地区水平，企业在一定时期所发放的工资薪金相对固定及工资薪金的调整是有序进行的，企业对实际发放的工资薪金已依法履行了代扣代缴个人所得税义务，有关工资薪金的安排不以减少或逃避缴纳税款为目的。
第二，首次从税收的角度明确了“职工福利费”范围。企业职工福利费包括以下内容：（一）尚未实行分离办社会职能的企业，其内设福利部门所发生的设备、设施和人员费用，包括职工食堂、职工浴室、理发室、医务所、托儿所、疗养院等集体福利部门的设备、设施及维修保养费用和福利部门工作人员的工资薪金、社会保险费、住房公积金、劳务费等。（二）为职工卫生保健、生活、住房、交通等所发放的各项补贴和非货币性福利，包括企业向职工发放的因公外地就医费用、未实行医疗统筹企业职工医疗费用、职工供养直系亲属医疗补贴、供暖费补贴、职工防暑降温费、职工困难补贴、救济费、职工食堂经费补贴、职工交通补贴等。（三）按照其他规定发生的其他职工福利费，包括丧葬补助费、抚恤费、安家费、探亲假路费等。
第三，出台了资产损失税前扣除相关制度和办法。在财政部、国家税务总局下发的《关于企业资产损失税前扣除政策的通知》（财税[2009]57号）基础上，国家税务总局又发布了《关于印发〈企业资产损失税前扣除管理办法〉的通知》（国税发[2009]88号），明确了新《企业所得税法》下企业资产损失税前扣除的管理规定。新办法从程序上将资产损失分为自行计算扣除和审批两种，且采用了排除法确定了需要审批扣除的项目。即：除了企业在正常经营管理活动中因销售、转让、变卖资产发生的损失等六种损失可以自行计算扣除外，其余资产损失均需税务机关审批才可以扣除。从时限上看，新办法缩短了审批法定时限，与国家税务总局令第13号相比，由原来省级税务机关审批时限60天改为30天，省级以下税务机关最多不能超过30天。延长了法定“延长期限”，由过去的10天改为30天。同时延长了纳税人申报期限，由原来的年度后15天延长为45天。这对税务机关的审批工作提出了更高的要求，给了纳税人较为宽裕的时间申报税前扣除。
第四，确定了可以税前扣除的准备金及其条件。新《企业所得税法》规定，未经核定的准备金支出，即不符合财政部和国家税务总局规定的各项资产减值准备、风险准备等准备金支出，均不得税前扣除。目前财政部、国家税务总局已经核准的证券行业、保险行业、金融企业可以依法计提准备金，并对符合规定的准备金准予税前扣除。
第五，手续费及佣金支出扣除政策得到明确。企业发生与生产经营有关的手续费及佣金支出，财产保险企业按当年全部保费收入扣除退保金等后余额的15%（含，下同）以内，人身保险企业按当年全部保费收入扣除退保金等后余额的10%以内，其他企业按协议或合同确认的收入金额的5%以内的，准予税前扣除，超过部分，不得扣除。同时，除委托个人代理外，企业以现金等非转账方式支付的手续费及佣金不得在税前扣除。企业为发行权益性证券支付给有关证券承销机构的手续费及佣金不得在税前扣除。企业不得将手续费及佣金支出计入回扣、业务提成、返利、进场费等费用。
第六，补充养老保险费、补充医疗保险费标准得到明确。新《企业所得税法》及其实施条例规定，企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予扣除。自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除，超过的部分，不予扣除。
三、特殊税务处理
第一，明确企业重组按照不同情况适用一般性税务处理规定和特殊性税务处理规定。在“普通”和“特殊”的划分上，制定了清晰的界限，较之原规定对“特殊”的要求更高。比如特殊重组交易对价中涉及股权支付比例不低于其交易支付总额的85%，比原规定提高了5个百分点（在所得税处理上，特殊重组，在过去的规定中称为“免税重组”，在重组交易发生时，对股权支付部分，以企业资产、股权的原有成本为计税基础，暂时不确认资产、股权转让所得和损失，也就暂时不用纳税，或者将纳税义务递延到以后履行）。
第二，明确了企业清算业务所得税处理办法。首先，应以清算期间作为一个独立的纳税年度计算确定应纳税所得额，而无论清算期间实际是长于12个月还是短于12个月；其次，企业的全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额，为清算所得；再次，被清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得，免征企业所得税；剩余资产减除股息所得后的余额，应确认为股东的投资转让所得或损失。最后，清算所得可以弥补以前年度亏损。
第三，进一步调整了房地产开发经营业务企业所得税处理规定。国家税务总局出台《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发[2009]31号），解决了房地产开发企业在新《企业所得税法》下如何进行税务处理的问题。与原有政策相比，以下几点值得重点关注：首先，计税毛利率调低了5个百分点。在当前房地产市场不景气情况下，除经济适用房等项目外，企业销售未完工开发产品取得收入的计税毛利率，与国税发[2006]31号文件相比，将一般开发项目的计税毛利率由20%、15%、10%降低为15%、10%、5%，每档均降低了5个百分点。其次，明确企业发生的期间费用、已销开发产品计税成本、营业税金及附加、土地增值税准予在当期按规定扣除。最后，继续强调不得事先核定征收。企业出现《税收征收管理法》第三十五条规定的情形，税务机关可对其以往应缴的企业所得税按核定征收方式进行征收管理，并逐步规范，同时按《税收征收管理法》等税收法律、行政法规的规定进行处理，但不得事先确定企业的所得税按核定征收方式进行征收、管理。
第四，企业取得专项用途财政性资金的企业所得税处理问题得到明确。对企业在2008年1月1日至2010年12月31日期间，从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的应计入收入总额的财政性资金，凡符合以下三个条件的，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除：一是企业能够提供资金拨付文件，且文件中规定该资金的专项用途；二是财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求；三是企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。
第五，文化企业所得税优惠政策期限被延长。原政策规定的文化企业所得税优惠在2008年底执行到期，财税[2009]31号、财税[2009]34号文件规定，自2009年1月1日至2013年12月31日，经营性文化事业单位转制为企业，自转制注册之日起，继续免征企业所得税。同时，出版、发行企业库存呆滞出版物，纸质图书超过5年（包括出版当年，下同）、音像制品、电子出版物和投影片（含缩微制品）超过2年、纸质期刊和挂历年画等超过1年的，可以作为财产损失在税前据实扣除。已作为财产损失税前扣除的呆滞出版物，以后年度处置的，其处置收入应纳入处置当年的应税收入。
第六，其他特殊规定。对于开（筹）办费，企业可以在开始经营之日的当年一次性扣除，也可以按照新《企业所得税法》有关长期待摊费用的处理规定处理，但一经选定，不得改变。企业为汶川地震灾后重建、举办北京奥运会和上海世博会等特定事项的捐赠，可以据实全额扣除，即这类特定事项的捐赠不受企业利润的影响，不足扣除的还可以无限期结转扣除。软件企业能够准确划分的职工培训费用的，不受职工教育经费扣除标准的限制，可以全额扣除。
