本次课题经费监督检查主要采取委托会计师事务所现场审计的方式进行。坚持“主动服务，服务前移”的工作理念，通过查找课题承担单位经费管理和使用过程中存在的重点问题和突出矛盾，分析原因并有针对性提出改进和加强管理的意见和建议，督促课题承担单位落实规定、完善制度、堵塞漏洞、改进管理，提高单位相关人员遵守财经法规的自觉性和主动性。
为提高审计工作质量，9月25日，科技部召集参加审计工作的会计师事务所相关人员进行了专门培训。审计工作预计将于12月结束。对审计发现的问题，科技部将按照《国家科技计划和专项经费监督管理暂行办法》的有关规定，提出处理意见，下达监督检查意见书要求单位整改落实，记录单位和当事人的信用，并通过适当的方式向社会公告。
