国家税务总局表示，调整后的新表包括5个，即《增值税纳税申报表（适用于增值税一般纳税人）》、《增值税纳税申报表附列资料（表一）》、《增值税纳税申报表附列资料（表二）》、《固定资产进项税额抵扣情况表》、《增值税纳税申报表（适用于小规模纳税人）》。纳税人在2009年1月征期仍使用现行增值税纳税申报资料，调整后的增值税纳税申报资料自2009年2月1日启用。
此外，根据新修订的《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则，国家税务总局对《增值税一般纳税人纳税申报“一窗式”管理操作规程》（国税发[2005]61号印发）有关事项进行了调整，具体调整事项见《国家税务总局关于调整增值税一般纳税人纳税申报“一窗式”管理操作规程有关事项的通知》（国税函[2008]1074号）。
增值税一般纳税人纳税申报的调整事项
根据通知内容，增值税一般纳税人纳税申报事项主要做了以下调整：
（一）增值税一般纳税人纳税申报办法
1.《增值税一般纳税人纳税申报办法》（国税发[2003]53号印发，以下简称《申报办法》）第三条第一款第1项调整为“《增值税纳税申报表（适用于增值税一般纳税人）》、《增值税纳税申报表附列资料（表一）、（表二）》和《固定资产进项税额抵扣情况表》”。
调整后的《增值税纳税申报表（适用于增值税一般纳税人）》，《增值税纳税申报表附列资料（表一）》，《增值税纳税申报表附列资料（表二）》，《固定资产进项税额抵扣情况表》，原《增值税纳税申报表附列资料（表三）、（表四）》废止。
2.删除《申报办法》第三条第二款第3项中“及购进废旧物资普通发票”。
3.《申报办法》第六条调整为“纳税人应按月进行纳税申报，申报期为次月1日起至15日止，遇最后一日为法定节假日的，顺延1日；在每月1日至15日内有连续3日以上法定休假日的，按休假日天数顺延。”
（二）《增值税纳税申报表（适用于增值税一般纳税人）》
《增值税纳税申报表（适用于增值税一般纳税人）》表头说明调整为“根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条和第二十三条的规定制定本表。纳税人不论有无销售额，均应按主管税务机关核定的纳税期限按期填报本表，并于次月一日起十五日内，向当地税务机关申报。”
（三）《增值税纳税申报表附列资料（表一）》及其填表说明
1.第1、8、15栏均包含机动车销售统一发票数据；
2.第2、9栏“非防伪税控系统开具的增值税专用发票”不再填写。
（四）《增值税纳税申报表附列资料（表二）》及其填表说明
1.第1-3、22-26、35栏均包含机动车销售统一发票和税务机关代开的增值税专用发票数据。
2.第5、28栏项目名称调整为“海关进口增值税专用缴款书”。
辅导期纳税人第5栏填写本月税务机关告知的稽核比对结果通知书及其明细清单注明的稽核相符海关进口增值税专用缴款书、核查结果中允许抵扣的海关进口增值税专用缴款书的份数、金额、税额。
辅导期纳税人第28栏填写本月未收到稽核比对结果的海关进口增值税专用缴款书。
3.第6、29栏项目名称调整为“农产品收购发票或者销售发票”。
4.第8、31栏项目名称调整为“运输费用结算单据”。
辅导期纳税人第8栏填写税务机关告知的稽核比对结果通知书及其明细清单注明的稽核相符运输费用结算单据、核查结果中允许抵扣的运输费用结算单据的份数、金额、税额。
辅导期纳税人第31栏填写本月未收到稽核比对结果的运输费用结算单据数据。
5.第11栏项目名称调整为“外贸企业进项税额抵扣证明”，其“税额”栏填写税务机关出口退税部门开具的《外贸企业出口视同内销征税货物进项税额抵扣证明》允许抵扣的进项税额。
6.自2009年5月1日起，第7栏“废旧物资发票”不再填写。
7.第9栏“6%征收率”及第10栏“4%征收率”不再填写。
8.第15栏项目名称调整为“非应税项目、集体福利、个人消费用”，填写用于非增值税应税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务转出的进项税额。
9.第21栏增加为“红字专用发票通知单注明的进项税额”。填写纳税人按照主管税务机关开具的《开具红字增值税专用发票通知单》中“需要做进项税额转出”的税额。
10.自2009年5月1日起，第30栏“废旧物资发票”不再填写。
11.第32栏“6%征收率”及第33栏“4%征收率”不再填写。
12.《增值税纳税申报表附列资料（表二）》所称的“本期进项税额明细”均包括固定资产进项税额。
13.填表说明第四条第3款“前期认证相符且本期申报抵扣”，调整填写为前期认证相符本期申报抵扣的防伪税控增值税专用发票和机动车销售统一发票情况；辅导期纳税人由税务机关告知的稽核比对结果通知书及明细清单注明的稽核相符专用发票、核查结果中允许抵扣的专用发票和机动车销售统一发票的份数、金额、税额。该项应与第23栏“期初已认证相符但未申报抵扣”加第24栏“本期已认证相符且本期未申报抵扣”减第25栏“期末已认证相符但未申报抵扣”后数据相等。
14.填表说明第六条第1款“期初已认证相符但未申报抵扣”，调整填写为前期认证相符，但按照税法规定，暂不予抵扣，结存至本期的防伪税控增值税专用发票和机动车销售统一发票；辅导期纳税人认证相符但未收到稽核比对结果的防伪税控增值税专用发票和机动车销售统一发票月初余额数。该项应与上期“期末已认证相符但未申报抵扣”栏数据相等。
15.填表说明第六条第2款“本期已认证相符且本期未申报抵扣”，调整填写为本期认证相符，但因按照税法规定暂不予抵扣及按照税法规定不允许抵扣，而未申报抵扣的防伪税控增值税专用发票和机动车销售统一发票，包括外贸企业购进供出口的货物。辅导期纳税人填写本月已认证相符但未收到稽核比对结果的防伪税控增值税专用发票和机动车销售统一发票数据。
16.填表说明第六条第2款“本期已认证相符且本期未申报抵扣”，调整填写为截至本期期末，按照税法规定仍暂不予抵扣及按照税法规定不允许抵扣且已认证相符的防伪税控增值税专用发票和机动车销售统一发票情况；辅导期纳税人填写已认证相符但未收到稽核比对结果的防伪税控增值税专用发票和机动车销售统一发票月末余额数。
17.填表说明第六条第4款调整为“其中：按照税法规定不允许抵扣”，填写期末已认证相符但未申报抵扣的防伪税控增值税专用发票和机动车销售统一发票中，按照税法规定不允许抵扣，而只能作为出口退税凭证或应列入成本、资产等项目的防伪税控增值税专用发票和机动车销售统一发票。包括外贸出口企业用于出口而采购货物的防伪税控增值税专用发票等。
18.填表说明第七条中“代扣代缴税额”项指标的填写依据，调整为《中华人民共和国增值税暂行条例》第十八条。
小规模纳税人纳税申报的调整事项
《国家税务总局关于做好增值税普通发票一窗式票表比对准备工作的通知》（国税发[2005]141号）所附的《增值税纳税申报表（适用于小规模纳税人）》及其填表说明按以下要求填写：
（一）《小规模纳税人申报表》的“本月数”调整为“本期数”。《小规模纳税人申报表》填表说明中涉及“本月数”的均改为“本期数”。
（二）《小规模纳税人申报表》第4、5栏不再填写，其对应的填表说明一并取消。
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