第五条规定，个人独资企业的投资者以全部生产经营所得为应纳税所得额；合伙企业的投资者按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额，合伙协议没有约定分配比例的，以全部生产经营所得和合伙人数量平均计算每个投资者的应纳税所得额。据此，合伙企业的投资者按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额，再乘适应税率”的方法计算个人所得税。
投资者应纳个人所得税=（全部生产经营所得x投资者个人按合伙协议约定的分配比例）×适用税率
全部生产经营所得=收入总额 —成本、费用以及损失
关于合伙企业投资者个人所得税费用扣除标准。财税[2006]44号明确了，财政部国家税务总局《关于印发<关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>的通知》（财税[2000]91号）附件1第六条（一）修改为：“投资者的费用扣除标准为19200元／年（1600元／月）。投资者的工资不得在税前扣除。”
