开展联运业务的纳税，可以按扣除支付给其他联运合作方运费后的余额作为征收营业税的计税依据。
根据《货物运输业营业税征收管理试行办法》（国税[2003]121号）的有关规定，自2003年11月1日起，在我国境内所有提供公路、内河货物运输的单位和个人，一律划分为自开票纳税人和代开票纳税人。自开票纳税人可以向税务机关申请领购交通运输业发票进行自行开具；而代开票纳税人则只能到税务机关或代开票单位申请开具交通运输发票。
不仅如此，自开票纳税人和代开票纳税人（特别是从事货物联运业务的纳税人）在征税上也有很大区别，根据《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）的规定：凡自开票纳税人参与了符合“交通运输业”征税范围的货物运输业务，联运合作方向自开票纳税人开具了货物运输业发票，且自开票纳税人将接受的货物运输业发票作为原始记账凭证进行妥善保管的，自开票纳税人的联运业务，均可以按扣除支付给其他联运合作方运费后的余额为征收营业税的计税依据。而代开票纳税人不仅不能按扣除支付给其他联运合作方运费后的余额为征收营业税的计税依据（应就全额缴纳营业税），还必须就全额预缴3.3%的企业所得税以及按营业税额缴纳有关的城建税、教育费附加（预缴的企业所得税年终应该进行汇算清缴）。
