据了解，当前报关代理企业基本上都为客户（出口企业）提供“一揽子通关服务”，但其办理通关手续时，须为客户（出口企业）垫付办理手续所生成的费用，如进出口舱单编号和换单费、海关证明联打印费、出口退税证明联签署费、报关单预录入费、海关查验费、商检验货费、报检换证处证费、箱体检验检疫录入费、查验摆箱费、港口建设费、港口保安费、运杂费、仓储费等，种类多达十几种。因此，报关代理企业在和客户（出口企业）结算时，收取的款项有两部分：代理报关的服务收费和代垫费用。
一般情况下，代垫费用约为服务收费的3倍，占收取总款项的70%左右。其中代理报关服务的收入为企业的营业收入，应计征营业税。代垫费用不是企业的营业收入，不应属于营业税的征收对象。但是长期以来，报关企业使用“服务业定额发票”或“服务业、娱乐业、文化体育业专用发票”，发票票面金额是服务收费和代垫费用的合计，即代垫费用实际上计征营业税，这显然不尽合理。
为此，国家税务总局于2006年12月31日下发了《关于加强代理报关业务营业税管理的有关问题的通知》（国税函[2006]1310号），明确要求各地税务部门扣除13项代垫费用后，将余额作为计税营业额，计征报关企业的营业税。该《通知》的颁发受到报关企业的欢迎，但在实施过程中，由于难以在原有发票上区分并扣除报关企业的各项代垫费用，因而在执行层面上仍未能彻底解决代垫费用征税问题。
为彻底解决报关代理业代垫费用征税问题，规范发票使用，减轻企业负担，国家税务总局日前正式下发了《关于统一报关代理业专用发票有关问题的通知》（国税函[2008]417号），规定凡从事报关代理业务的企业，从2008年8月1日起，在办理报关代理业务收取款项时，须开具地方税务机关统一印制的《报关代理业专用发票》。《报关代理业专用发票》一式四联，专门设置了服务收费和代垫费用两个填写区域，凸现了差额征税的功能，有利于提高税务部门税收征管质量，也有利于规范报关经营行为，为报关行业的发展创造良好的市场环境。
