一是打破人员、管户的区域限制。参加交叉检查的人员由市局统一抽调，原则上检查人员不参与本辖区交叉检查户的检查。
二是对检查中发现的问题及时汇报、及时反馈。在检查过程中发现达到大要案标准的案件，要求及时汇报市局。检查工作结束十日内，检查组对所查案件进行深入分析，查找征管工作中存在的问题,汇总行业存在的共性问题，提出合理化稽查建议，由市局统一向上级管理部门反馈。
三是奖励成绩突出的单位和个人。昆明市国税局将交叉检查工作纳入市局对各区、县（市）局目标管理责任制进行考核。对在检查中发现重大线索，查处大要案，提出有指导性建议的检查人员所在的局给予加分，对个人酌情给予奖励。
四是严格实施责任追究。在检查结束后市局对案件组织抽查复查，在复查中发现案件事实不清、证据不足、适用法律法规不当，定性错误，违反法定程序，违反廉政勤政等行为的严格追究检查人员的责任。
