关联交易一方被税务机关实施转让定价调查调整，不可避免地会面临重复征税的问题。因为这种调整是在所涉及的纳税年度结束，关联交易各方的当期利润已经确定并在属地缴纳了企业所得税以后才进行的。一方主管税务机关单方面调增并征税的利润并不能增加关联交易各方的利润总额，在利润总额既定的前提下调增的这一部分利润就会在关联双方征税，从而造成重复征税。
例如：2006年甲乙双方关联交易的总利润是100万元，其中甲方30万元，乙方70万元，均已纳税。甲方主管税务机关在2008年调查后认为其合理利润是60万元，这其中增加的30万元就会被重复征税。
《办法》第十一章《相应调整及国际磋商》第九十八条规定，当关联交易的一方被税务机关调增利润后，允许另一方相应调减利润，以消除重复征税。国际磋商是指关联交易各方主管税务当局之间为消除重复征税而进行的商谈，是关联交易一方因转让定价税收调整导致跨国重复征税后寻求另一方相应调整的必经途径，也是企业谈签双边或多边预约定价安排的必然选择。跨国相应调整能否实现，取决于关联交易各方国家主管税务当局之间的磋商能否达成共识。
重复征税分为国内重复征税、国际重复征税，其实现相应调整的途径也各不相同。由于《办法》第三十条规定，实际税负相同的境内关联方之间的交易，只要该交易没有直接或间接导致国家总体税收收入的减少，原则上不做转让定价调查、调整。因此，国内重复征税主要存在于实际税负不同的境内关联方之间。
在实际操作中应注意如下问题：
相应调整需要企业提出申请
1.跨国相应调整的申请。由于涉及不同国家，必须通过国际磋商途径，因此，当企业涉及国际重复征税的相应调整时，应同时向国家税务总局和主管税务机关提出书面申请，由国家税务总局与税收协定缔约对方税务主管当局根据税收协定有关相互协商程序的规定开展磋商谈判解决。
2.国内相应调整的申请。本章虽未明确企业实施国内相应调整需提出申请，但在实际操作上，要获得主管税务机关的审核认可，提出申请是基本程序。按照目前的税收管理体制，关联交易各方可以向主管税务机关提出申请，由主管税务机关逐级层报关联各方共同的上级税务机关或国家税务总局协调解决。
申请相应调整应提交有关资料
申请国际相应调整，企业在提出书面申请的同时，还要报送《启动相互协商程序申请书》以及企业或其关联方被转让定价调整的通知书复印件等有关资料。
申请国内相应调整，企业应提供上述相关资料（《启动相互协商程序申请书》除外）供主管税务机关审核。
相应调整申请应在三年内提出
《办法》第一百条规定：企业应自企业或其关联方收到转让定价调整通知书之日起三年内提出相应调整的申请，超过三年的，税务机关不予受理。
相应调整的例外
允许相应调整是一个原则规定，但并非所有转让定价税收调整案件都能进行相应调整。
1.税务机关对企业实施转让定价调整，涉及企业向境外关联方支付利息、租金、特许权使用费等已扣缴的税款，不再做相应调整。
2.由于资本弱化原因，不得在计算应纳税所得额时扣除的利息支出以及视同股息分配的利息支出，不适用相应调整的规定。
3.非税收协定国之间不能进行相应调整。国际相应调整的依据是国际税收协定，申请国际相应调整仅限于和中国签订了税收协定的国家之间。因此，企业如要申请国际相应调整，必须先确认我国是否和关联交易对方所在国签订了国际税收协定。
4.磋商未能达成共识的转让定价调整不能进行相应调整。即使跨国关联交易各方位于税收协定国之间，其各国主管税务当局也难以在所有问题上达成共识。从我国近年完成的国际磋商案件来看，存在因未达成共识而不能完全实现相应调整的个案。
充分利用相应调整与国际磋商消除重复征税
相应调整与国际磋商赋予了跨国企业申请消除因关联交易转让定价税收调整而导致的国际重复征税的手段。从国际磋商的结果来看，申请企业的关联方普遍获得了所在国主管税务当局的相应调整许可，从所在国税务当局获得了相应的税收返还，基本消除了重复征税问题。
在我国历年签订的诸多国际税收协定中普遍有相应调整与国际磋商的内容，不论是在华的外资企业还是“走出去”的中国企业在面对跨国重复征税时，都应当积极使用这一手段，充分维护自身权益。
