为确保资金安全有效运行，个旧市制定了《个旧市财政专项资金管理办法》，通过完善机制，进一步规范财政专项资金管理。
一是完善专项资金预算编制、申报机制。为有效规范财政专项资金的分配行为，提高专项资金编制的科学性和透明度，各主管部门根据事业发展需要，按照部门预算的编制要求，统一编制年度财政专项资金项目计划和资金使用计划，报送市财政部门审核。预算执行中如发生专项资金调整的，必须由用款单位或部门提出申请、财政部门审核、分管副市长审批、市长审定的程序办理。
二是完善财政专项资金管理机制。为确保财政专项资金专款专用，提高资金使用效益，财政专项资金拨付实行“专项管理、封闭运行、申请支付、预拨报账”的管理方式运行，并严格按照财政专项资金支付程序支付到用款单位。
三是完善专项资金核算和监督机制。市财政局对全市财政专项资金实行统一管理，各部门单位必须设立专账，加强对专项资金日常财务管理和会计核算。专项资金实行专款专用、政府采购和国库集中支付，确保专项资金直达项目实施单位，并建立健全财政专项资金项目责任追究制度，切实提高专项资金管理的运行效率。
四是逐步完善专项资金绩效评价机制。为进一步加强对绩效评价结果的应用，从而提高预算编制和管理水平，优化财政资源配置，不断提高财政管理绩效，使财政支出结构更趋合理、有效，个旧市对财政专项资金将逐步实行绩效评价制度，绩效评价结果作为以后年度预算安排的参考依据。
