为进一步加强对福利企业的管理，落实税收政策，堵塞税收漏洞，充分发挥税收优惠政策扶持社会福利企业发展的积极作用，文山州国税局根据纳税评估揭示的问题疑点，采取纳税人自查与税务机关清理检查相结合的办法，对福利企业购进原材料和辅料是否取得可抵扣增值税的凭证、是否按规定发放工资及为残疾人缴纳“四项保险”、是否按规定确定残疾职工人数、运输发票是否符合抵扣规定、固定资产进项税抵扣是否符合规定等五个方面进行了全面清理。共清理出并补缴当月增加残疾职工当月计入退税比例多退增值税50.63万元；对运输发票填写项目不全、付款方向不一致、已抵扣未付款、汇总开具无清单转出进项税11.24万元；追缴未取得合法抵扣凭证已抵扣进项税47.18万元。
针对专项清理发现的问题，文山州国税局严把“四关”强化福利企业管理：一是严把货运发票进项税抵扣审核关。纳税人申报抵扣货运发票进项税时，必须将对应的货物出入库单、付款证明复印件附在货运发票抵扣联后装订成册备查，凡不符合规定的一律不予抵扣。二是严把日常管理、检查关。全州统一规范《福利企业检查情况记录表》和《福利企业残疾人安置情况检查记录表》，强化日常管理、检查。三是严把政策宣传关。及时、深入福利企业宣传税收政策，有针对性地开展纳税辅导，着力提高纳税人税法遵从度。四是严把评估退税关。将福利企业“先评估、后退税”办法执行到位，适时开展清理检查，从源头上遏制虚假退税行为的发生。
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