自2011年至2020年，中央财政将投入2195.2亿元实施天然林资源保护工程二期。相比一期工程，工程二期取消了地方配套资金，并改变了一期投入标准一定11年不变的静态资金预算控制，而是根据社会工资增长、物价变化等因素对投入标准进行动态管理。
此外，二期与一期相比，中央投入政策还更加关注以下几个方面：
更加关注西部经济发展。工程一期实施方案虽然规定地方按照总资金规模20%的比例提供配套资金，但实际执行中难以如数兑现。工程二期取消了地方配套资金，使这些省可以腾出资金去解决其他事关发展的一些关键问题，对加快区域经济发展有一定的促进作用。
更加关注民生。二期方案大幅度提高了森林管护以及基本养老统筹、基本医疗、失业、工伤、生育5项社会保险补助标准，既解决了林业职工工资增长低于社会平均工资的问题，也解决了工程实施单位因社会平均工资连年上涨造成的参保费用缺口问题，确保企业职工全员参保。
更加关注资源培育。从工程一期的单纯保护转向全方位的保育结合，有效地解决了天然次生林、人工林分生长过密，中幼龄树生长受阻造成的林木生长缓慢、生长被抑制、生态功能低下等问题。
更加关注扩大就业。工程二期不再安排国有职工一次性安置，而是通过继续实施公益林建设、森林管护，以及新增中幼林抚育、后备资源培育等建设任务增加就业岗位，保证工程区所有职工充分就业。仅新增的中幼林抚育和森林培育两项任务，就可以新增就业岗位24.88万个。
更加关注农民利益。一期对集体林没有经济补偿，而二期则有效地兼顾了长江、黄河两大流域天保工程区的林农收入问题，对于纳入国家级公益林的，中央财政按每年每亩10元给予补偿；属于地方公益林的，中央财政每年每亩补助森林管护费3元。在工程区范围内没有纳入上述两类林的，由林农依法自主经营。
更加注重企业改革。为鼓励森工企业分离目前负担的广播电视、城市环保、社区管理等公益事业，凡移交地方政府统一管理的，中央财政将给予补助。
工程二期与一期相比，省（区、市）数量不变，县（局）数量适当调整，工程实施范围有所扩大。二期实施范围在一期原有范围基础上，增加了丹江口库区的11个县区市。
