近年来，永仁县采取措施，扎实推进新型农村合作医疗工作，大大增强了农民抵御重大疾病风险的能力，有效减轻了农民的经济压力，使农民因病致贫、返贫的现象得到有效遏制。
一是新型农村合作医疗参保人均财政补助标准大幅提高。2007年启动实施新型农村合作医疗以来，全县3次提高财政补助标准，中央和省级财政人均补助从40元提高到200元。
二是新型农村合作医疗补偿比例大幅提高。2011年，在县、乡、村定点医疗机构门诊就医的，补偿比例提高到40%，住院补偿比例提高到乡级85%，县级75%，县以上医疗机构50%。2011年上半年，共有144257人次享受到新农合补偿，其中门诊减免补偿141280人次、住院床日补偿2137人次、住院分娩211人次、县外住院补偿629人次。累计支付补偿资金610.86万元，比上年同期增长24%。
三是新型农村合作医疗参合农民逐年增多。2011年，全县共有85441人参加新型农村合作医疗，参合率达93.09%。
