通知同时规定，各省（区、市）2011年及以后年度到期应偿还的中央财政有偿资金，不再缴入中央财政汇缴专户，由财政部每年办理中央与地方财政年终结算时，以扣款的方式收回。
对于因违规违纪问题应追回的中央财政资金，通知明确，2011年应追回的中央财政资金，继续缴入中央财政汇缴专户；2012年1月1日以后应追回的中央财政资金，不再缴入中央财政汇缴专户，统一缴入省（区、市）级财政及新疆生产建设兵团、农业部所属农垦总局财务部门，由各省（区、市）及新疆生产建设兵团、农业部所属农垦总局农发机构继续安排用于农业综合开发土地治理项目。项目管理程序按照现行规定执行，项目计划与存量资金或增量资金土地治理项目计划合并编报，并作单独说明。
