尽管山西煤炭大重组工作正快马加鞭，但由于补偿标准等问题，对中小煤矿的整合依然困难重重。
山西省煤炭工业厅厅长王守祯日前表示，山西省的煤炭企业重组已经正式得到批准，11个市超过70%的煤炭企业，都已经签订了重组协议，目前重组行动已经进入到正式的实施阶段。
山西省律师协会副会长高剑生却表示，大多数企业只是签了合作框架性的协议，在法律上是意向书，真正的谈判实际上才开始。
意向性协议落实起来遭遇的主要麻烦是补偿标准的问题。
去年10月，山西省政府出台的具体补偿标准是：2006年2月28日，山西省187号文实施前缴纳资源价款的，按照百分之百给予补偿。2006年2月28日之后缴纳的价款，按照百分之五十补偿。
“这个文件出台之后，立刻使煤炭资源的收购工作遇到一个很大障碍。煤矿企业新批资源的价款也在(每吨)6至8元，按照每吨一两块钱的补偿，显然煤老板是不会同意的。” 山西祝融万权律师事务所一位参与此次煤矿整合的律师表示。
山西省一些参与此次煤炭整合的律师透露，现在很多中小煤矿顶住压力不谈判，“煤矿的执照到明年年底大部分就到期了，到期之前不能生产，但到期后就作废，中小煤矿越往后拖损失越大。”
事实上，山西省有关方面也比较着急。在山西省政府发布晋政办发(2009)100号文，要求加快审批手续办理工作后，山西省煤炭工业厅又发布《关于加快兼并重组整合煤矿改造建设工作的安排意见》，对煤炭资源整合中在建的四类矿井进行简化项目审批程序。
按照山西省重组规划，8月底，将全部完成兼并重组的协议签订工作；9月，新的企业主体要入场开工，新建扩建矿井的基本建设将全面推开。
时间对于国有大矿形成了巨大的压力。
有些资源条件比较好的小煤矿，大多不愿意以低价出售，而这又是国有企业争夺的主要并购目标。
一位参与整合的律师称，去年在临汾谈的一个年产30多万吨的煤矿，储量大概只有800万吨，可采储量只有四五百万吨，但煤老板开口就是五个亿，但按照山西省政府的补偿规定，这个煤矿最多也就值几千万元，和煤老板的心理价位相差太大。“但省国资委要求省属煤矿企业必须严格执行省政府的补偿规定，不按照这个文件执行的，评估报告不予备案。”这位律师说。
鉴于此，一位知情人士表示，对于部分特别优质的资源，有些国有企业最终不得不以高于指导价签订兼并协议，但高价的部分出现在协议的附件里，向上申报时只呈送主本，以便通过审批，形成所谓“阴阳合同”。
