全国不同地区的公立医院复杂的权属关系以及随之而来的补偿机制不到位，是令“方案”不得不向后延期的主要原因。
补偿机制难定
2010年1月，很多地方卫生厅长是满怀希望来到北京的，此时，是中央批准医改方案之后，卫生部召开的第一次全国卫生系统工作会议。这些厅长们相信，在这次会议上，医改中最为敏感的公立医院改革，卫生部应该提出明确的思路与方案，并且，他们希望改革之后最为复杂的公立医院补偿机制问题，也能在这次会议上有所明确。
然而，与会的卫生厅长们没有等来“方案”。一位与会人士告诉记者，卫生部党组书记张茅向他们明确表示，原定在2009年底前出台的公立医院改革方案，由于在一些具体问题上仍未达成一致意见，已经搁浅。
地方卫生厅长们清楚，在所谓的“具体问题”中，公立医院的补偿机制就是其中之一。参会的湖北省卫生厅厅长焦红在会上说，“补偿的问题应该核算清楚，补偿应该到位”。
实际上，针对公立医院改革，地方卫生厅和中央政府在此问题上意见并不一致。
记者了解到，大部分地方卫生厅希望中央层面能出台明确的路线图和时间表，但是中央层面希望地方卫生厅先摸着石头过河。“全国情况太复杂，冀望卫生部出台非常具体的指导意见可能性不大。”1月7日，马鞍山市医疗集团总院长何少峰表示，而据一些曾经看到过“方案”草案的地方卫生厅官员们称，在草案中，亦没有明确的执行路径。
“市场化”之忧
既然政府补贴始终不能明确，地方政府只有自谋出路，这让广东省卫生厅副厅长廖新波颇为担忧，他在博客发文说，一些地方政府医院的公益性将难以得到保证，甚至被迫走上市场化的道路。记者的采访显示，这一隐忧并不完全多余。“没有一个公立医院敢说政府投入够了。”何少峰说。马鞍山市成立了医疗集团，本来任职马鞍山市卫生局党委书记的何少峰担任了医疗集团总院长。何少峰认为，仅靠政府投入远远不够，“我们医院肯定要讲效率，讲营利。”
北京的某区卫生局副局长告诉记者，部属医院中央财政出的钱比较多，市属和区属可能是同级财政出大头。“要是地方财政没钱呢，北京、上海等大城市并不用担心没钱，地级市的医院根本拿不到充足的财政投入，怎么办，自己想办法。”何少峰说。
实际上，尽管中央层面的方案并未出台，各地的医改方案基本已经到了收尾阶段。很多地方成立了医管局之类的模式，其中成都和上海类似组织归属地方国资委。而北京医管局归属北京卫生局，比后者低半级。
前述北京某区的副局长告诉记者，医管局建立后，各个院长职权大大增强，有独立的人事权和财务权，“会实行法人责任制，给他定目标，定任务，和国有企业法人有点类似。”
