一、将机器设备租赁变为异地作业进行营业税筹划
物流企业具有季节性，在淡季时，往往将部分闲置的机器设备出租，收取租赁费，根据《营业税暂行条例》的规定，财产租赁应按“服务业——租赁”税目缴纳5%的营业税。而如能将租赁变成异地作业，物流企业可以按照“交通运输业——装卸搬运”缴纳3%的营业税。装卸搬运，是指使用装卸搬运工具或人力、畜力将货物在运输工具之间、装卸现场之问或运输工具与装卸现场之间进行装卸和搬运的业务。租赁业，是指在约定的时间内将场地、房屋、物品、设备或设施等转让他人使用的业务。因此，二者区分的标准在于租赁业仅仅出租机器设备，而装卸搬运的异地作业还包括操作人员。因此，如果企业通过修改租赁合同，将租赁变为异地作业，则可以减轻税收负担。
例1：某物流公司决定将两台大型装卸设备以每月10万元的价格出租给客户甲，租期为半年。客户甲除需支付60万元的租赁费外，还需安排2名操作人员，两人半年的工资为6万元。
方案一：按照租赁合同执行，则物流公司应缴纳营业税＝60×5%＝3（万元），应纳城市维护建设税及教育费附加＝3×（7%＋3%）＝0.3（万元）。合计应纳税额为3.3万元。该公司纯收入＝60－3.3＝56.7（万元）。
方案二：如果物流公司将租赁合同变为异地作业合同，由物流公司派遣两名操作人员并支付工资6万元，为客户甲提供装卸服务的同时收取66万元服务费．则物流公司按“交通运输——装卸搬运”税目应缴纳的营业税＝66×3%＝1.98（万元），应纳城市维护建设税及教育费附加＝1.98×（7%＋3%）＝0.198（万元）。该公司的纯收入＝66－6－1.98－0.198＝57.822（万元），方案二比方案一增收1．122万元。而且客户甲不需要安排操作人员，虽然支付的费用相同，但是省去了很多不必要的麻烦，对合作双方都有利。
二、内部出租税务筹划
税法对特定经营行为纳税义务人的界定，是以当事人是否领取了营业执照为标准，纳税人可以利用这一判断标准进行筹划。根据国家税务总局《关于企业出租不动产取得固定收入征收营业税问题的批复》（国税函[2001]78号），企业以承租承包形式，将资产提供给内部职工或其他经营人员，在企业不提供产品、资金，只提供门面、货柜或其他资产并收取固定的管理费用、利润或其他名目的价款的前提下，如果承租者或者承包者领取了营业执照，企业属于出租不动产或其他资产，企业向承包者或者承租者收取的全部价款，不论其名称如何，均属于从事租赁业务取得的收入，应按照“服务业——租赁”交纳营业税，如果该项资产是不动产（厂房、店面等），还要以租金收入作为计税依据，交纳房产税；但是承包者或承租者未领取任何营业执照，则企业向其提供各种资产所收取的各种名目的价款，均属于企业的内部分配行为．不征收营业税。因此从节税的角度考虑．企业对内部职工出租不动产时，应尽可能要求其不办理营业执照。
例2：一家集装卸、搬运、仓储、租赁为一体的综合性物流公司在向集团外部提供服务的同时也向集团内部提供服务，2008年企业决定将30间闲置厂房全部改造为门面房，并以每间每年2万元的优惠价格出租给内部职工6年。
方案一：承租人即内部职工领取营业执照。在这种情况下，物流公司应缴纳的营业税＝20000×30×5%＝30000（元），应纳城市维护建设税及教育费附加＝30000×（7%＋3%）＝3000（元），应纳房产税＝600000×12%＝72000（元），合计应纳税额＝30000＋3000＋72000＝105000（元）。
方案二：出租时要求内部职工不办理营业执照，并以本单位的名义对外经营。则该企业不用缴纳每年105000元的税收，6年可以节省税款105000×6＝630000（元）。
三、运输企业选择计税依据的税务筹划
凡是将旅客或货物由境内载运出境的，都属于物流企业所属营业税的管辖范围；凡是将旅客或货物由境外载运至境内的，则不属于物流企业所属营业税管辖范围。如国内某航空公司客机从美国载运旅客入境，取得的收入不征营业税。如果美国某航空公司飞机从我国境内载运出口货物出境，取得的收人应当在我国境内征税，虽然该公司属境外机构，但它属于“在境内载运货物出境”。根据此原则，运输企业将客货从我国境外运往我国境内，或者将客货从境外的一个地方运往境外的另一个地方，这两种运输业务因起运地不在我国境内，所以不缴纳营业税。物流运输企业可以充分利用这一规定，开展起运地在境外的业务，尤其是在与我国有税收互惠协定的国家进行客货运输业务，以达到减轻税负的目的。物流运输企业将货物或乘客运往境外时，如果直接运往目的地，其营业额为收入全额，但如果运输企业将货物或乘客通过境外承运企业再运往目的地，这种情况下，以全程运费减去付给境外承运企业运费后的余额为计税依据。
例3：某物流公司与兴业公司签订货物运输合同，物流公司负责将兴业公司货物运往加拿大A地，总运费为120000元人民币，若不进行筹划，则应纳营业税额＝120000×3%＝3600（元）。物流公司经过筹划后，先将货物运往加拿大B地，再委托当地一运输公司将货物运往A地，同时支付运费25000元。物流公司该项业务应纳营业税额＝（120000－25000）×3%＝2850（元）。
四、利用货物进出的时间差进行增值税筹划
根据《增值税暂行条例实施细则》的规定，销售货物或者应税劳务的纳税义务发生时间为：采取直接收款方式销售货物，不论货物是否发出，均为收到销售额或取得索取销售额的凭证，并将提货单交给买方的当天；采取托收承付和委托收款方式销售货物，为发出货物并办妥托收手续的当天；采取赊销和分期收款方式销售货物，为按合同约定的收款日期的当天；采取预收货款方式销售货物，为货物发出的当天；委托其他纳税人代销货物，为收到代销单位销售的代销清单的当天，销售应税劳务，为提供劳务同时收讫销售额或取得索取销售额的凭据的当天。
当物流企业从上游企业（销货方）采购货物，再销售给下游企业时，可以充分利用上述规定进行税务筹划，即尽量提前抵扣增值税进项税额，而根据下游企业（进货方）的付款情况灵活掌握供货数量和开具销项发票数额，而不能在进货方尚未付清货款的情况下一次性将货全部供完并全额开具销项发票，以免提前给企业造成税务负担。
五、通过将杂费并入运输费进行增值税筹划
物流企业在运输过程中，一般既收取运费，也要收取一些运费外的其他杂费，运费可以抵扣增值税进项税额，但是杂费不能抵扣增值税进项税额。因此，如果能够将部分杂费并入运费，则可以增加增值税的抵扣额。但是，这种方式是有一定限度的。根据《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）的规定，增值税一般纳税人取得税务机关认定为开票纳税人的联运单位和物流单位开具的货物运输业发票准予计算抵扣进项税额。准予抵扣的货物运费金额是指自开票纳税人和代开票单位为代开票纳税人开具的货运发票上注明的运费、建设基金和现行规定允许抵扣的其他货物运输费用；装卸费、保险费和其他杂费不予抵扣。货运发票应当分别注明运费和杂费，对未分别注明，而合并注明为运杂费的不予抵扣。根据《财政部、国家税务总局关于调整增值税运输费用扣除率的通知》（财税[1998]114号）的规定，目前运输发票抵扣增值税的税率为7%。
六、物流企业税务筹划中应注意的问题
增值税一般纳税人取得的货物运输业发票在进行抵扣时，往往要满足一定的条件，物流企业应该严格遵守这些规定，否则，就无法进行抵扣。根据国税发[2004]88号的规定，增值税一般纳税人在2004年3月1日以后取得的货物运输业发票，必须按照《增值税运费发票抵扣清单》的要求填写全部内容，对填写内容不全的不得予以抵扣进项税额。因此，物流企业应该按照税法的要求进行填写。
根据《国家税务总局关于加强货物运输业税收管理及运输发票增值税抵扣管理公告》（国税发[2003]120号）的规定，从2003年11月1日起，提供货物运输劳务的纳税人必须经主管地方税务局认定方可开具货物运输业发票。凡未经地方税务局认定的纳税人开具的货物运输业发票不得作为记账凭证和增值税抵扣凭证。并从2003年12月1日起，国家税务局对增值税一般纳税人电请抵扣的所有运输发票与营业税纳税人开具的货物运输业发票进行比对，凡比对不符的，一律不予抵扣。另外，抵扣运输发票还有时间的限制，根据国税发[2003]120号文的规定，纳税人取得的发票应当自开票之日起90天内向主管国家税务局申报抵扣，超过90天的不得予以抵扣。
