西藏是目前全国惟一未收取水资源费的省区。今后，所收取的水资源费将全额上缴财政，主要用于水资源调查、规划，以及河流、湖泊、地下水监测、节约用水新技术推广等领域。
西藏征收水资源费后，经营性取水费用相对较高，对农牧区及维护生态等方面的用水将给予优惠。不过，西藏自治区水利厅相关人员介绍，西藏水资源费征收标准远低于其他省区，如其他省区矿泉水征收标准为每立方米10元至50元，西藏仅为3元。
此外，也有一些项目不收取水资源费：农村集体经济组织及其成员，使用本集体组织水塘和水库中的水；农牧区和城市供水管网未覆盖到的家庭和零星散养、圈养畜禽饮用等，月取水不足300立方米的用水；农牧区学校和城市供水管网未覆盖到的学校用水；农业抗旱、植树造林和维护生态环境等临时应急取水。
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