一、范围上的差异
从内容上看，职工薪酬包括企业因获得职工提供服务而给予职工的各种形式的报酬或对价，共有八项内容，即（一）职工工资、奖金、津贴和补贴；（二）职工福利费；（三）医疗保险费、养老保险费、失业保险费、工伤保险费和生育保险费等社会保险费；（四）住房公积金；（五）工会经费和职工教育经费；（六）非货币性福利；（七）因解除与职工的劳动关系给予的补偿；（八）其他与获得职工提供的服务相关的支出。
新的税法和条例所指的工资支出大致相当于第一项，即统计局的口径。如果参阅职工薪酬会计准则的征求意见稿，则更为清楚。征求意见稿明确关于职工薪酬的范围的第一款明确表示为“（一）构成工资总额组成部分的工资、奖金、津贴和补贴”。
二、对象上的差异
职工薪酬的对象除了包括与企业订立劳动合同的所有人员，也包括虽未与企业订立劳动合同但由企业正式任命的人员如董事会成员、监事会成员等，以及在企业的计划和控制下，虽未与企业订立劳动合同或未由其正式任命，但为其提供与职工类似服务的人员，如劳务用工合同人员。
所得税政策方面，无论是新税法还是原有政策都使用的是“任职或受雇”这个概念，但对如何认定“任职和雇佣”并没有明确的标准。严格的讲，这个概念并不严谨，尤其是“受雇”这个词语，因为雇佣关系在法律上有广义和狭义之分。
征管实务中如何认定“任职或受雇”，有两种办法：即是否签订书面劳动合同、是否缴纳养老保险。这种形式上的标准显然易于把握，但也不尽合理。就像一个企业没有办税务登记证并不妨碍他依法承担纳税义务一样，企业和职工之间没有签订劳动合同并不妨碍劳动关系的形成。关于这一点，《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号）以及新的劳动合同法中都有相关的规定。问题在于，税收征管人少事多，如果类似问题一一鉴别，显然是人力、物力都不能承受的，只能采取一刀切的做法，从个案上来看是不公平的，但对纳税人整体而言却是公平的。这也许就是法治的代价。
此外，现在新会计准则明确了董事、监事都应当计入职工薪酬。现行的个人所得税政策规定，个人由于担任董事职务所取得的董事费收入，属于劳务报酬所得，按劳务报酬所得计算缴纳个人所得税。但是对于本企业的职工或高级管理人员同时兼任本企业董事所取得的董事费，应与其当月工资、薪金合并，按工资、薪金所得计算缴纳个人所得税。就企业所得税政策而言，董事或法人代表是否应当纳入计税工资的人数仍然有待明确。按照惯例，即所得税政策没有明确规定的，按会计制度办理，也许更为合理。
此外，令人不解的是，新细则第35条规定，企业在规定的范围和标准内，为职工缴纳的五险一金准予扣除。同时又规定，企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在规定的范围和标准内，准予扣除。如果属于法律漏洞，按照“举重以明轻”的思路，既然为投资者支付的补充险可以税前扣除，那么基本险就更应当可以在税前扣除。新条例在34条、35条、92条分别使用员工、职工、从业人数的措辞，不知道有什么区别。
三、三项费用
1、工会经费和职工教育经费
新税法和细则关于工会经费的规定与以前基本相同。职工教育经费则明确为实际发生、不超过工资薪金总额2.5%的部分，准予扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。
2、职工福利费
现行会计准则已经取消了职工福利费，统一在职工薪酬科目下进行会计核算，据实列支。而在新条例中最终仍然规定为，企业实际发生的职工福利费支出，不超过工资薪金总额14%的部分，准予扣除。与原政策不同的是，是实际数而不是计提数。考虑到此前部分草案中并没有相应条款的规定，而且在新条例中又强调企业发生的合理的工资薪金支出，准予扣除。工资薪金支出是否像此前流传的那样全额在税前扣除可能尚有变数。
对企业而言，为了便于所得税核算和申报，在职工薪酬下设计二级科目职工福利费不失为一个明智的选择。
四、关于辞退福利
现行会计准则规定，在劳动合同尚未到期前，职工没有选择继续在职的权利，应当根据计划条款规定拟解除劳动关系的职工数量和每一位职工的辞退补偿等计提辞退福利，借记“管理费用”科目，贷记“应付职工薪酬——解除职工劳动关系补偿”科目。在劳动合同尚未到期前，对于职工有选择权的辞退计划，应当按照或有事项准则预计将接受裁减建议的职工数量，根据预计的职工数量和每一职位的辞退补偿等计提辞退福利。借记“管理费用”科目，贷记“预计负债——解除职工劳动关系补偿”科目。
对于前者而言，作为与生产经营有关的支出，应当允许在税前扣除。而对于后者，作为一项可能发生的或有支出，税前是不允许扣除的，因为这违背了税前扣除的真实性原则，即除另有规定外，所有税前的扣除都应当是真实发生的，另有规定最典型的例子就是加计扣除。
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