《中华人民共和国海关行政复议办法》（以下简称“《海关复议办法》”）规定，复议中，作为申请人相对的一方——被申请人，有以下几种情况。
一、公民、法人或者其他组织对海关作出的具体行政行为不服，作出该具体行政行为的海关是被申请人。
《海关复议办法》第十六条规定，“公民、法人或者其他组织对海关作出的具体行政行为不服，依照本办法规定申请行政复议的，作出该具体行政行为的海关是被申请人”。
被申请人与申请人是相对的概念，被申请人就是指被公民、法人或者其他组织认为侵犯其合法权益而向复议机关“投诉”并由复议机关通知参加复议的行政机关。对于海关而言，由于实行的是上一级复议制，复议机关一定是作出具体行政行为的上一级海关，而被申请人则与其他机关一样，一定是作出具体行政行为的海关。行政复议的被申请人一般具备以下几个特征：
一是只要实施了外部行政管理职能的海关或者法律、法规授权的组织，都有可能成为被申请人，而不论其本身是否具有外部行政管理的职权。目前海关实行四级分级，包括海关总署、直属海关、隶属海关、部分基层海关（分为副处级、科级两级海关），同时还包括一些行业协会，如报关协会、口岸协会、两区协会，它们也代海关实行部分管理职能。上述海关和有关协会作出具体行政行为，如果申请人认为该具体行政行为侵犯其合法权益，提请行政复议，即成为被申请人。要强调的是，自然人不能成为行政复议的被申请人，即使具体行政行为由海关工作人员作出，被申请人也只能是该工作人员所属的海关。这是因为公务人员的执法行为代表其所属的机关的意志，属于其所从属的行政机关的行为。二是必须为运用行政权力、作出有争议的具体行政行为的海关或者法律法规授权的组织。作为被申请人，一定是实施了经申请人认为侵犯其合法权益的具体行政行为，并且这个具体行政行为与申请人的合法权益受损之间具有申请人认为的因果关系。海关作为行政机关，一方面代表国家行使行政管理职权，另一方面它也是民事主体，与其他民事主体一样平等参与民事法律关系，后一方面显然不能成为被申请人。同时，虽然它具有行政管理职权，但是它没有实施具体行政行为，或者虽然实施具体行政行为，公民、法人或者其他组织认为该具体行政行为并没有侵犯其合法权益，再或者虽然认为侵犯了合法权益，但是申请人没有向复议机关申请复议，那么该海关也不是被申请人。
二、两个以上海关以共同的名义作出具体行政行为的，以作出具体行政行为的海关为共同被申请人。
《海关复议办法》第十八条规定“两个以上海关以共同的名义作出具体行政行为的，以作出具体行政行为的海关为共同被申请人，向其共同的上一级海关申请行政复议”。
两个以上海关联合作出具体行政行为的情况不多见，但是为防止出现这种情况，有必要对此作出规定。具体例子如下：
（1）如果北京海关与天津海关共同作出一个具体行政行为，公民、法人或者其他组织不服提起复议，海关总署是它们的共同上一级海关，海关总署是复议机关，北京、天津海关是共同的被申请人；
（2）如果北京海关与济南海关共同作出一个具体行政行为，公民、法人或者其他组织不服提起复议，它们的共同上一级海关还是海关总署，海关总署是复议机关，北京、济南海关是共同的被申请人；
（3）如果无锡海关与威海海关共同作出一个具体行政行为，公民、法人或者其他组织不服提起复议，由于它们的上一级海关分别是南京海关和青岛海关，因此，要符合《海关复议办法》“共同的上一级海关”的要求，它们的共同上一级海关也是海关总署。
当然，在上述（2）、（3）中，将海关总署称为北京海关与济南海关、无锡海关与威海海关的共同上级海关更恰当。
三、海关与其他行政机关以共同的名义作出具体行政行为的，海关和其他行政机关为共同被申请人。
《海关复议办法》第十九条第一款规定“海关与其他行政机关以共同的名义作出具体行政行为的，海关和其他行政机关为共同被申请人，向海关和其他行政机关的共同上一级行政机关申请行政复议”。
海关与其他行政机关共同执法的情形也不多见，在口岸上偶尔会涉及海关与商检、海关与边防共同执法的个别案例，在后续监管上会涉及海关与烟草专卖、海关与知识产权局、海关与工商管理等部门共同执法的情形。但是无论哪种情形，都不会有海关与上述部门的直接的“共同上一级行政机关”。海关的上一级机关是海关，而地方相关执法部门的上一级机关有的是上一级业务部门，也有的是本级人民政府。因此，出现海关与其他行政机关共同作出具体行政行为的情形时，公民、法人或者其他组织申请行政复议，复议机关是国务院，海关与其他行政机关是共同被申请人。
四、申请人对海关总署与国务院其他部门共同作出的具体行政行为不服，海关总署和国务院其他部门为共同被申请人。
《海关复议办法》第十九条第二款规定“申请人对海关总署与国务院其他部门共同作出的具体行政行为不服，向海关总署或者国务院其他部门提出行政复议申请，由海关总署、国务院其他部门共同作出处理决定”。
海关总署与其他国务院部委共同作出具体行政行为，公民、法人或者其他组织不服申请行政复议，可以向海关总署或者国务院其他部委分别申请，但是为了节约成本、提高效率，应当由海关总署和国务院其他部委共同作出复议决定。即采取谁先受理谁办理的原则，在办理过程中加强与另一机关的协商，在作出复议决定之前统一认识，以共同的名义作出复议决定。在此情况下，复议机关名义上是海关总署和国务院其他部委两家，但是在办理复议案件时，实际上以一家为主。海关总署和国务院其他部委仍是共同的被申请人。
五、依照法律、行政法规或者海关规章的规定，下级海关经上级海关批准后以自己的名义作出具体行政行为的，以作出批准的上级海关为被申请人。
《海关复议办法》第二十条第一款规定“依照法律、行政法规或者海关规章的规定，下级海关经上级海关批准后以自己的名义作出具体行政行为的，以作出批准的上级海关为被申请人”。
这是根据行政机关“谁决策、谁负责”的行政执法理念确定的一条被申请人认定原则。国务院《全面推进依法行政实施纲要》要求行政机关要按照“谁决策、谁负责”的原则，建立健全决策责任追究制度，实现决策权和决策责任相统一。根据该款规定，法律、行政法规或者海关规章明确规定，下级海关作出某一项具体行政行为，须经上级海关批准，则当事人不服该经批准的具体行政行为提起行政复议，被申请人是作出批准的上级海关。相应的，该行政复议申请应向作出批准的海关的上一级海关提出。
六、根据海关法和有关行政法规、海关规章的规定，经直属海关关长或者其授权的隶属海关关长批准后作出的具体行政行为，以直属海关为被申请人。
《海关复议办法》第二十条第二款规定“根据海关法和有关行政法规、海关规章的规定，经直属海关关长或者其授权的隶属海关关长批准后作出的具体行政行为，以直属海关为被申请人”。
这是一款明确的规定，凡是海关法、行政法规、海关规章有规定，具体行政行为要经过直属海关关长批准，或者直属海关关长授权隶属海关关长批准，当事人不服该行为提起行政复议，被申请人都是直属海关。目前，海关需经直属海关关长批准或者经直属海关关长授权的隶属海关关长批准的行为有19项。其中《海关法》规定的4项、《海关行政处罚实施条例》规定的2项、《关税条例》规定的1项，其他都是海关规章规定的情形。如《海关法》第六十条规定：进出口货物的纳税义务人，应当自海关填发税款缴款书之日起十五日内缴纳税款；逾期缴纳的，由海关征收滞纳金。纳税义务人、担保人超过三个月仍未缴纳的，经直属海关关长或者其授权的隶属海关关长批准，海关可以采取下列强制措施：
（一）书面通知其开户银行或者其他金融机构从其存款中扣缴税款；
（二）将应税货物依法变卖，以变卖所得抵缴税款；
（三）扣留并依法变卖其价值相当于应纳税款的货物或者其他财产，以变卖所得抵缴税款。
七、海关设立的派出机构、内设机构或者其他组织，未经法律、行政法规授权，对外以自己名义作出具体行政行为的，以该海关为被申请人。
《海关复议办法》第二十一条规定“海关设立的派出机构、内设机构或者其他组织，未经法律、行政法规授权，对外以自己的名义作出具体行政行为的，以该海关为被申请人”。
按照现行法律的规定，除法律、行政法规授权的组织外，行政机关设立的派出机构、内设机构或者其他组织，未经法律、行政法规授权，不得以自己的名义作出具体行政行为。但是，实践中许多派出机构、内设机构以自己的名义对外作出了具体行政行为。如海关总署上海归类分中心对外作出的归类决定，按照新的《归类办法》的规定，要在海关门户网站上公开。上海归类分中心是海关总署的派出机构，对外作出具体行政行为依据的是《归类办法》，而《归类办法》是海关规章，不属于法律、行政法规授权，因此上海归类分中心作出的归类决定是海关总署的行为。当事人对该归类决定不服提起行政复议，被申请人是海关总署。直属海关下设的办事处也属于派出机构，它们代表直属海关作出的征税决定等也是直属海关的行为，引发的行政复议，被申请人是直属海关。海关内设机构没有作出具体行政行为的权力，在海关执法中发现的一些盖有海关内设机构印章的法律文书，如海关扣留凭单、收缴担保金的文书等，都属于不符合海关法定执法程序的法律文书，一方面可能是执法人员的失误造成的，另一方面是传统的执法习惯形成的不良后果，不能代表海关内设机构具有作出具体行政行为的权力。上述情形，当事人提起行政复议，被申请人仍然是该内设机构所在的海关。
