近年来，随着加工贸易的不断发展，在部分加工贸易环节，2004年发布的《中华人民共和国海关对加工贸易货物监管办法》（以下简称“《办法》”）已经不能完全适应海关保税监管工作需要。因此，为保证海关监管能够更加有效地实施，保证《办法》内容适应海关保税监管业务的发展，有必要对《办法》的部分条文进行修改。
由于此次修改的内容不多，涉及的条文共5条，因此采取了修改决定的形式进行修改。
取消了“主要工序”不得外发加工的限制
具体体现在对《办法》第三条、第二十三条和第二十五条的修改上。
《办法》原第三条对“外发加工”作了定义：“外发加工，是指加工贸易企业因受自身生产工序限制，经海关批准并办理有关手续，委托承揽企业对加工贸易货物的某道工序进行加工，在规定期限内将加工后的产品运回本企业并最终复出口的行为。”
现将其修改为：“外发加工，是指经营企业因受自身生产特点和条件限制，经海关批准并办理有关手续，委托承揽企业对加工贸易货物进行加工，在规定期限内将加工后的产品运回本企业并最终复出口的行为。”
取消了对“某道工序进行加工”的限制
相应的，《办法》原第二十五条第（二）项规定，“经营企业将主要工序外发加工的”，海关不予批准外发加工业务。现删除了此限制。
对《办法》作这样的修改主要是考虑到加工贸易的品种繁多、且发展迅速，海关和企业对相当一部分货物加工贸易的“主要工序”认定标准存在较大差异，海关也没有明确可执行的标准，很难统一执法尺度。在实际监管中，企业也经常由于申请报批时，海关难以及时审批而增加生产成本，因此对外发加工的这种限制在实践中难以落实。
需要强调说明的是，此次修改取消了“主要工序”不得外发加工的限制，不等于放弃或削弱对外发加工业务的监管，而是要创新监管手段，实行更加严密、有效的监管。海关总署加工贸易司准备在实际监管工作中，将外发加工业务与深加工结转业务用基本一样的监管方式和同一个监管作业系统进行管理。目前，海关总署加工贸易司已着手在H2000深加工结转子系统中增加对外发加工业务实施监管的功能模块和作业程序，以保证对外发加工业务的有效监管。同时该司也在起草相关具体的管理规定，以规范对外发加工的管理。因此将《办法》原二十三条第一款“经营企业经海关批准可以开展外发加工业务。外发加工应当在加工贸易手册有效期内进行”修改为“经营企业经海关批准可以开展外发加工业务，并按照外发加工的相关管理规定办理。”
修改了外发加工特殊情况的处理原则
即，外发加工有关货物经经营企业所在地主管海关批准可不运回本企业。
《办法》原第二十四条规定，经营企业应当将外发加工的成品、边角料、剩余料件、残次品、副产品等加工贸易货物运回本企业。从执法实际来看，海关监管存在很大难度，对企业来说也有诸多不便。例如，当外发加工环节产生出大量价值不大或产生有毒有害的边角料及副产品时，就地处理比较适宜。再如，西部企业将最后一道工序外发至东部地区进行加工时，在加工地办理出口手续可以方便企业，也可以减少海关监管环节。
鉴于这些情况，对《办法》第二十四条进行了修改，规定外发加工中的相关加工贸易货物，经经营企业所在地主管海关批准，可以不运回本企业。
删除了“核查”的定义
《办法》原第三条对“核查”作了定义。由于2008年海关总署一类立法项目《中华人民共和国海关保税核查办法》将对海关“保税核查”进行重新定义，为了避免规章中相同概念的冲突，本次修改删除了《办法》中关于“核查”含义的解释。
修改了有关法律责任的表述
《办法》原第四十二条对法律责任进行了规定。由于《中华人民共和国海关行政处罚实施条例》自2004年11月1日起施行，《中华人民共和国海关行政处罚实施细则》同时废止，因此将第四十二条修改为：“违反本办法，构成走私行为、违反海关监管规定行为或者其他违反海关法行为的，由海关依照海关法和《中华人民共和国海关行政处罚实施条例》的有关规定予以处理；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”
