一、两部门发文明确合伙企业合伙人所得税问题
2008年12月23日，财政部和国家税务总局根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例和《中华人民共和国个人所得税法》有关规定，联合下发《关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（以下简称《通知》）（财税[2008]159号），对合伙企业的合伙人如何缴纳所得税问题进行了明确，并自2008年1月1起实施。
《通知》明确，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
《通知》规定，合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。具体应纳税所得额的计算按照《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税[2000]91号）及《财政部、国家税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》（财税[2008]65号）的有关规定执行。
二、合伙企业缴纳所得税按四项标准确认应纳税所得额
对合伙企业的合伙人应如何确定自身的应纳税所得额呢？对此，《通知》明确，应该按四项标准来确定：一是合伙企业的合伙人以合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。二是合伙协议未约定或者约定不明确的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额。三是协商不成的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人实缴出资比例确定应纳税所得额。四是无法确定出资比例的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人数量平均计算每个合伙人的应纳税所得额。
《通知》同时也提醒，合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人。合伙企业的合伙人是法人和其他组织的，合伙人在计算其缴纳企业所得税时，不得用合伙企业的亏损抵减其盈利。
三、确保合伙企业合伙人所得税征收工作顺利进行
财政部和国家税务总局联合下发《关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》是鼓励个人投资、公平税负和完善所得税制度，既为合伙企业的发展创造了条件，有利于国民经济持续、稳定、健康地发展，又是规范所得税制度的一项重要措施，有利于进一步对合伙企业合伙人加强所得税的征收管理。所得税政策，涉及面广，政策性强，社会关注程度高，因此，各级税务机关要认真作好宣传解释工作，广泛宣传《通知》对支持和鼓励个人投资办企业的重要意义、合伙企业合伙人所得税政策的具体规定和征收管理的具体办法，精心组织，切实做好贯彻《通知》精神的各项工作，掌握《通知》政策规定给征管和收入带来变化的有关情况，及时研究解决其中产生的有关问题，确保政策到位、征管到位。因此，各主管税务机关要及时与工商管理部门联系，准确掌握合伙企业合伙人投资情况和税源状况。建立经常联系渠道，随时掌握合伙企业合伙人的登记情况；对查帐征收、核定征收、税源大户和一般户的合伙企业，要区分情况分类管理；对实行核定征收所得税的合伙企业，合伙企业合伙人是自然人的缴纳个人所得税，原则上应保持原所得税定额水平。
四、按照所得税规定进行账务处理，防范和控制涉税风险
《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税[2000]91号）第七条规定：有下列情形之一的，主管税务机关应采取核定征收方式征收个人所得税： （一）企业依照国家有关规定应当设置但未设置账簿的；（二）企业虽设置账薄，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的；（三）纳税人发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的。同时第十条规定：实行核定征税的投资者，不能享受个人所得税的优惠政策。
《财政部、国家税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》（财税[2008]65号）文件规定，对个体工商户业主、个人独资企业和合伙企业投资者的生产经营所得依法计征个人所得税时，个体工商户业主、个人独资企业和合伙企业投资者本人的费用扣除标准统一确定为24000元/年（2000元/月）。个体工商户、个人独资企业和合伙企业向其从业人员实际支付的合理的工资、薪金支出，允许在税前据实扣除。个体工商户、个人独资企业和合伙企业拨缴的工会经费、发生的职工福利费、职工教育经费支出分别在工资薪金总额2%、14%、2.5%的标准内据实扣除。个体工商户、个人独资企业和合伙企业每一纳税年度发生的广告费和业务宣传费用不超过当年销售（营业）收入15%的部分，可据实扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。个体工商户、个人独资企业和合伙企业每一纳税年度发生的与其生产经营业务直接相关的业务招待费支出，按照发生额的60%扣除，但最高不得超过当年销售（营业）收入的5‰。上述第一条规定自2008年3月1日起执行，第二、三、四、五条规定自2008年1月1日起执行。
如何把握最新所得税的改革形势，掌握最新政策，规避税制改革给企业带来的影响，抓住契机推动企业的经济增长，是每一个企业都必须关注和思考的重大课题。由于合伙企业合伙人是以每个投资者为纳税义务人，以每个投资者相应的收益确定适用税率，因此，投资者越多，其适用税率就越低。而其他企业，其所得税税率与投资者的多少无关。合伙企业合伙人是自然人的，在税务上还经常面临这样一个难题，那就是作为家庭的生活费用与生产经营费用混在一起，生产与家庭生活共用固定资产，如汽车消费，既用于经营又用于生活，经营饭店的企业主其家庭食物支出自然进了生产费用，这对投资者来说是一种隐蔽性福利。我国现行税制有明确的规定，对于投资者及其家庭发生的生活费用与生产经营费用混在一起，并且难以划分的全部视为生活费用，不得税前扣除。因此，合伙企业合伙人要在新企业所得税法下进行税收优惠政策的分析及筹划运用，按照所得税的要求，熟练地运用新所得税法进行账务处理和报表编制。
