商贸企业一直是增值税专用发票涉税案件的高危行业，也是国税部门管理的重点和难点。通过调查，发现商贸企业目前主要存在以下几方面问题：
一是商贸企业存在虚开、代开发票较大的空间和市场。商贸企业销售对象中相当一部分是不索取发票或者只索取普通发票的消费者个人和非增值税纳税人，如：加油站的销售对象大都是消费者个人或单位，煤炭经销商部分销售对象是居民个人，一些钢材经销商把钢材销售给建筑单位和个人等，这些都为虚开、代开发票留下了空间。另外，一些商贸企业让一些非增值税纳税人或个人以自身名义购买货物取得抵扣发票，不仅多抵扣了税款，而且虚增了库存，也留下了虚开、代开发票的空间。一些小煤窑、小铁矿和许多无票购进的商贸企业急需要取得发票以结算货款或者抵扣税款，由于税务机关加强了商贸企业用票资格认定和管理，防伪税控系统又基本杜绝了“假票虚开”，因此，“真票虚开”需求市场很大。
二是商贸企业存在许多“三无企业”。近几年商贸企业户数呈直线上升趋势，且相当一部分是中小型企业，经济性质多是个体民营性质，纳税人税法意识相对淡薄，资金少、货物少，经营场地不完善，甚至有的企业注册资金是虚假的、看不到货物、没有货物存放场地，只有少数的几个人，有的是家庭公司、夫妻店。商贸企业大都经营非本地资源商品，如煤炭、铁精粉、石油、钢材等，购销地两头在外，公司是个“空壳”，一旦出事，纳税人便逃之夭夭，税务机关什么也摸不着。
三是会计核算普遍不健全。大多数商贸企业收支、盈亏不实，少缴税收特别是少缴企业所得税现象较普遍。存在以下几种情况：少计收入，如卖给个人或者不要发票的就不记账，只就开票部分入账；扩大成本和费用，如不少商贸企业购买费用单据下账，让一些非增值税纳税人或个人以自身名义购买货物取得抵扣发票，不仅多抵扣税款，且扩大了成本；盈利户数少且盈利水平低，亏损户数多且亏损金额大，税收贡献率低，据某地统计，盈利户数占总户数只有35%，很多企业是微利企业，利润只有几千、几百、几十元甚至为零，亏损企业户数高达65%，不仅户数多且亏损金额较大，甚至连续几年亏损，很多亏损企业亏损很大，买卖却越做越红火；货款结算中现金交易量大、背书转让的承兑汇票多，很多几十万、几百万的货物流通都是通过现金或者背书转让很多次的承兑汇票进行交易,原始凭证都是自制的或者背书转让的复印件，经营的真实性难以核实。
四是进项发票中有很多不合法发票。不少商贸企业，为了少缴税款，挖空心思，想法设法，非法取得增值税抵扣凭证，有这么几种凭证：让一些非增值税纳税人或者个人以自己名义购货取得的专用发票、违规取得的运输发票、非正常的成品油抵扣发票、违规代开的发票、接受第三者的虚开发票、假海关凭证、农产品经营者非法取得的不参与金税稽核比对的普通发票等。例如，很多煤炭运销企业，从小煤窑无票购进煤炭，要么非法取得运输发票，缴3%左右的手续费或地税，抵扣7%的税款；要么从石油公司购买大量的成品油专用发票，抵扣17%的税款；要么从税务部门代开发票，抵扣4%税款，或者就无票下帐，直接缴纳13%的税款，但偷漏本环节企业所得税，造成了上一环节小煤矿偷漏增值税和资源税，形成了代开发票。
五是商贸企业整体税负呈下降趋势。通过分析某地发布的商贸企业近三年平均税负和预警值，发现商贸企业整体税负呈下降趋势。商品批发业的平均税负从2005年的1.32%下降到2006年的0.77%，再下降到2007年的0.70%，税负预警值从2006年的0.71%下降到2007年的0.67%；商品零售业的平均税负从2005年的2.1%下降到2006年的1.22%，再下降到2007年的0.92%，税负预警值从2006年的1.1%下降到2007年的0.87%。
分析商贸企业税负下降的原因，除商贸企业自身存在问题外，一个主要原因，是因为近两年国税部门一直把税负预警值作为警戒线，纳税人税负一旦突破预警值，便成为税务部门的评估、稽查和监控的重点，有的被停票或者取消一般纳税人资格，因此，大部分商贸企业把税务部门下达的最低税负预警值作为核算、缴纳税收的上限，达到或超过平均税负的企业很少，部分企业年度税负低于全市预警值甚至为零，这就造成一种现象即：上年的税负预警值成为本年度的平均税负，而本年度的税负预警值又成为下一年度的平均税负。
近三年煤炭批发企业平均税负从2.68%一直下滑到1.79%、煤炭零售业平均税负从4.67%下降到1.03%，实际上煤炭经销企业销售煤炭一般同时负责运输，属于混合销售业务，应一并征收增值税，货物价格组成中约一半的运费只能抵扣7%的税款，而需要交纳13%的税款，与煤炭部分税负平均，煤炭经销行业税负理论上应在4%左右，因此，目前煤炭经销业税负较低是不正常的。
防范商贸企业增值税专用发票涉税案件发生，除严格执行国家关于商贸企业税收管理有关政策外，税务部门应把好“六个关口”，加强商贸企业税收管理：
一是“认定关”。税务机关要严把商贸企业一般纳税人“入口”，商贸企业一般纳税人除具备相应的经营场地、人员、资金、证件等一般纳税人人定的必要条件外，还要求具备必要的经营设备和经营资质，如：煤炭经销企业认定必须有煤炭经营资质证明，货物经营场地须由磅房、铲车、化验设备等。通过严格认定，防止“三无”和“空壳”企业出现。
二是“进项关”。商贸企业购进货物要依法取得进货发票，商贸企业一般纳税人从增值税一般纳税人企业购进货物原则上索取增值税专用发票，从小规模纳税人购进货物索取普通发票或者由税务机关代开的增值税专用发票，进项发票和销项发票所开具的货物须一致或者相关联，防止销售煤炭、铁精粉等货物却以非关联的或者非正常比例的运输发票、成品油等抵扣税金，对无票购货或者白条下账的，除不得抵扣进项税额外，要按规定计算征收企业所得税。
三是“销项关”。税务机关要控制商贸企业专用发票使用数量，根据商贸企业资金、人员、场地、货物、核算水平、有无偷漏税和发票违章等情况，核定企业使用发票数量，对经营规模、用票量突然增大、需要增加专用发票使用量的，要严格履行实地调查程序，认真核实企业的购销合同、资金往来，运输证明、出入库证明、进项票等，慎重增票，最大限度地降低风险，最大限度地防止虚开、代开增值税专用发票案件的发生。
四是“结算关”。商贸企业大宗货物购销需通过银行结算，对混合销售业务实行货款和运费一票结算。商贸企业一般纳税人除了在财务制度规定的范围内可以用现金直接支付的款项外，在经营过程中所发生的大宗购销业务，一般通过银行存款账户进行结算。通过银行结算，可以有效避免买卖增值税专用发票行为的发生。许多商贸企业的商品交易中，同时负责运输，比如，大多数煤炭运销企业一般纳税人销售煤炭并负责运输，属于混合销售行为，收取的煤炭货款和随同煤炭收取的运费应实行专用发票一票结算，一并征收增值税，企业购销货物支付的运费可按规定抵扣税金，这样既符合增值税政策，又可以避免纳税人通过开具运输发票，缴纳低税率的营业税，达到少缴税收的目的。
五是“税负关”。税务机关在下达行业税负指标时，应下达行业的最高税负、最低税负和平均税负，一般不要在平均税负和最低税负之间，再下达行业预警值，以避免对基层管理和纳税人形成误导。如需要下达预警指标，应将低于省、市局平均税负一定时间的纳税人作为异常企业进行预警，下发基层进行重点管理监控。在日常管理中，税务部门应加强日常评估和税务稽查，要求商贸企业一般纳税人达到省、市局确定的平均税负，对无正当理由，长期低于平均税负、长期零税负、“长亏不倒”、等异常企业采取重点评估、移交稽查、停供发票等措施。
六是“核算关”。商贸企业应加强会计核算，税务部门也应督促企业提高会计核算水平，对商贸企业认定一般纳税人一定时间后，会计核算达不到一般纳税人核算认定标准，收支、盈亏反核算不实的，税务部门按规定应停止企业的发票使用权，不得抵扣进项税金，按适用税率全额征收增值税，对情节严重，会计核算严重不实的商贸企业，应取消一般纳税人资格。
