建筑施工企业跨省施工，在企业所得税方面，《企业所得税法实施条例》第五十条规定，居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。在具体缴纳方面，根据国家税务总局《关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）规定，居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市）设立不具有法人资格的营业机构、场所的，该居民企业为汇总纳税企业，除另有规定外，企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。统一计算，是指企业总机构统一计算包括企业所属各个不具有法人资格的营业机构、场所在内的全部应纳税所得额、应纳税额；分级管理，是指总机构、分支机构所在地的主管税务机关都有对当地机构进行企业所得税管理的责任，总机构和分支机构应分别接受机构所在地主管税务机关的管理；就地预缴，是指总机构、分支机构应按规定，分月或分季度分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。所以，对于建筑企业跨省施工应当按规定在施工地预缴企业所得税。
然而，根据国家税务总局《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理有关问题的通知》（国税函[2008]747号）的规定，跨地区汇总纳税企业的所得税收入涉及跨区利益，跨区法人应健全财务核算制度并准确计算经营成果，不适用国家税务总局《关于印发〈企业所得税核定征收办法（试行）〉的通知》（国税发[2008]30号）。也就是说，对跨地区汇总纳税企业的所得税不适用核定征收。所以，施工地税务机关按收入一定比例就地征收企业所得税是错误的。
综上所述，跨省施工的建筑企业，应当按规定在施工地预缴企业所得税。但对总机构不向施工地提供企业所得税分配表，导致施工地无法正常就地申报预缴企业所得税的，国税函[2008]747号文件规定，分支机构主管税务机关要对二级分支机构进行审核鉴定，如该二级分支机构具有主体生产经营职能，可以确定为应就地申报预缴所得税的二级分支机构；对确定为就地申报预缴所得税的二级分支机构，主管税务机关应责成该分支机构督促总机构限期提供税款分配表。
另外，对2007年12月底以前跨省施工的，应当根据国家税务总局《关于建筑安装企业所得税纳税地点问题的通知》（国税发[1995]227号）规定执行，即建筑安装企业离开工商登记注册地或经营管理所在地到本县（区）以外地区施工的，应向其所在地的主管税务机关申请开具外出经营活动税收管理证明，其经营所得由所在地主管税务机关一并计征所得税。否则，其经营所得由企业项目施工地主管税务机关就地征收所得税。
