五、清算和重组政策
《关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）规定，企业在不再持续经营，发生结束自身业务、处置资产、偿还债务以及向所有者分配剩余财产等经济行为时，对清算所得、清算所得税、股息分配等事项的处理，明确了企业应进行清算的所得税处理的范围和内容，并就清算所得的计算进行了补充，比企业所得税法中的规定多了一项“加上债务清偿损益”，更加完善了清算所得的计算。
《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）
针对企业重组如何进行企业所得税处理，分为按企业法律形式改变、债务重组、股权收购、资产收购、合并、分立等重组，并区分了一般性税务处理规定和特殊性税务处理规定。文中对股权收购和资产收购、企业合并并形式规定了75%、85%的量化标准，方便了企业的执行，特别是特殊性税务处理，为符合条件的企业重组提供了税收优惠，有利于减轻企业在重组中的所得税负担，在当前金融危机形势下，对企业重组是一大利好。此外，文件对企业发生涉及中国境内与境外之间（包括港澳台地区）的股权和资产收购交易进行较为严格的规定，防止企业恶意利用特殊税务处理的优惠政策进行避税，在一定程度上保证了我国的税收利益。
五、总分支机构企业所得税管理
《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函[2009]221号）是继《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）和《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理有关问题的通知》（国税函[2008]747号）又一个关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理的文件，该文件强调了对二级分支机构的判定和管理，并规定对以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供有效证据证明其二级及二级以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行国税发[2008]28号的相关规定，明确了总分支机构适用不同税率时，就预缴和汇缴分别适用不同方法计算缴纳，同时明确了关于预缴和年度汇算清缴时分支机构报送资料问题和关于应执行未执行或未准确执行国税发[2008]28号文件企业的处理问题，进一步规范了完善了跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理。
六、房地产企业所得税政策
《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》（国税发[2009]31号）是在对原有《国家税务总局关于房地产开发业务征收企业所得税问题的通知》（国税发[2006]31号）的修订和完善，它与国税发[2009]31号不同的是，规定将预售产品取得的收入作为广告费、业务宣传费和业务招待费的计算基数，对视同销售收入作了调整，取消了原“将开发产品转作固定资产”的规定，降低了销售未开发产品收入的预计最低毛利率，对公益性配套设施有偿移交国家有关部门的，其实际成本可以在移交当期税前扣除，新增了计算成本对象的六项确定原则，可否销售原则、分类归集原则、功能区分原则、定价差异原则、成本差异原则和权益区分原则，允许符合规定的预提成本费用税前扣除，却除以下几项预提（应付）费用外，计税成本均应为实际发生的成本：一是出包工程未最终办理结算而未取得全额发票的，在证明资料充分的前提下，其发票不足金额可以预提，但最高不得超过合同总金额的10%；二是公共配套设施尚未建造或尚未完工的，可按预算造价合理预提建造费用。此类公共配套设施必须符合已在售房合同、协议或广告、模型中明确承诺建造且不可撤销，或按照法律法规规定必须配套建造的条件；三是应向政府上交但尚未上交的报批报建费用、物业完善费用可以按规定预提。物业完善费用是指按规定应由企业承担的物业管理基金、公建维修基金或其他专项基金。此外，文件还明确了企业单独建造的停车场所，应作为成本对象单独核算，利用地下基础设施形成的停车场所，作为公共配套设施进行处理等等。该文件，作为房地产行业的企业所得税管理的纲领性文件，为房地产企业进行企业所得税处理提供了具体依据。
七、企业所得税征管范围
《国家税务总局关于明确非居民企业所得税征管范围的补充通知》（国税函[2009]50号）是对贯彻落实《国家税务总局关于调整新增企业所得税征管范围问题的通知》（国税发[2008]120号）的补充，明确了除外国企业常驻代表机构外，2009年起新增的在中国境内设立机构、场所的其他非居民企业，企业所得税也由由国家税务局管理，以及不缴纳企业所得税的境内单位，其发生的企业所得税源泉扣缴管理工作仍由国家税务局负责。这个文件的规定，解决了基层税务机关在执行有关企业所得税管辖权的争议，避免了国地税机关抢税源或两不管的书面，明确了不同税务机关的税收征管权，有利于各地更好地进行企业所得税控管。
八、三大办法
这三大办法分别是《国家税务总局关于印发〈特别纳税调整实施办法（试行）〉的通知》（国税发[2009]2号）、《国家税务总局关于印发〈企业所得税汇算清缴管理办法〉的通知》（国税发[2009]79号）和《国家税务总局关于印发〈企业资产损失税前扣除管理办法〉的通知》（国税发[2009]88号）。这三大办法是企业所得税征收管理中的重要文件。国税发[2009]2号为税务机关对企业的转让定价、预约定价安排、成本分摊协议、受控外国企业、资本弱化以及一般反避税等特别纳税调整事项的管理提供了直接依据，按总则、关联申报、同期资料管理、转让定价方法、转让定价调查及调整、预约定价安排管理、成本分摊协议管理、受控外国企业管理、资本弱化管理、一般反避税管理、相应调整及国际磋商、法律责任、附则等十三章详细规定了特别纳税调整事项的税收征管，加强关联企业管理、防范企业避税等事项提供了政策依据。国税发[2009]79号是为加强企业所得税征收管理，进一步规范企业所得税汇算清缴工作的纲领性文件，它明确规定了应进行汇算清缴的范围，即凡在纳税年度内从事生产、经营（包括试生产、试经营），或在纳税年度中间终止经营活动的纳税人，无论是否在减税、免税期间，也无论盈利或亏损，均应按照企业所得税法及其实施条例和本办法的有关规定进行企业所得税汇算清缴。文件规定一般企业的年度汇算清缴期为自纳税年度终了之日起5个月内，年度中间发生解散、破产、撤销等终止生产经营情形，需进行企业所得税清算的，应在清算前报告主管税务机关，并自实际经营终止之日起60日内进行汇算清缴，结清应缴应退企业所得税款；纳税人有其他情形依法终止纳税义务的，应当自停止生产、经营之日起60日内，向主管税务机关办理当期企业所得税汇算清缴。文件同时对跨地区汇总纳税企业、合并纳税企业集团及一般企业的汇算清缴流程、涉及的相关资料等内容均作了规定，方便了纳税人的操作。国税发[2009]88号是在原《企业财产损失所得税前扣除管理办法》（国家税务总局[2005]13号令）基础上的完善，是新企业所得税法出台以来继《财政部
国家税务总局关于企业资产损失税前扣除政策的通知》（财税[2009]57号）后针对资产损失处理的专门性规定文件。它与国家税务总局[2005]13号令相比，将“财产损失”变更为“资产损失”，更贴近新税法的规定，对企业自行计算扣除的资产损失范围采取了“正列举”，对企业应报批的资产损失采取排除法，即对规定可自行计算扣除以外的资产损失，均属于需经税务机关审批后才能扣除的资产损失。同时对企业发生的资产损失，凡无法准确辨别是否属于自行计算扣除的资产损失，可向税务机关提出审批申请。此外，延长了申请审批时间，由原来年度终了后15日内改为45日。对存货和固定资产进行了量化，如单项或批量金额较小的存货损失进行了明确的量化界定：即占企业同类存货10%以下、或减少当年应纳税所得、增加亏损10%以下、或10万元以下等等，对与本企业应纳税收入有关的担保的含义进行了界定，明确规定：“与本企业应纳税收入有关的担保是指企业对外提供的与本企业投资、融资、材料采购、产品销售等主要生产经营活动密切相关的担保”，特别需要注意的是，规定了不得确认为损失在企业所得税前扣除的股权和债权：（一）债务人或者担保人有经济偿还能力，不论何种原因，未按期偿还的企业债权；（二）违反法律、法规的规定，以各种形式、借口逃废或者悬空的企业债权；（三）行政干预逃废或者悬空的企业债权；（四）企业未向债务人和担保人追偿的债权；（五）企业发生非经营活动的债权；（六）国家规定可以从事贷款业务以外的企业因资金直接拆借而发生的损失；（七）其他不应当核销的企业债权和股权。
上半年企业所得税部分政策虽然姗姗来迟，但最终未影响企业所得税的年度汇算清缴，即便少数政策在汇算清缴期以后发布，但按照《国家税务总局关于2008年度企业所得税纳税申报有关问题的通知》（国税函[2009]286号）的规定，对于2009年5月31日后确定的个别政策，如涉及纳税调整需要补退企业所得税款的，纳税人可以在2009年12月31日前自行到税务机关补正申报，不加收滞纳金和追究法律责任。纳税人不必担心因重新进行汇算清缴而补缴税款的滞纳金和法律责任问题，体现了总局人性化执法的指导思想，为企业更好的提高2008年度汇算清缴打下了基础。
