根据《企业所得税法实施条例》规定，企业依照《企业所得税法》第五十四条规定，分月或者分季预缴企业所得税时，应当按照月度或者季度的实际利润额预缴；按照月度或者季度的实际利润额预缴有困难的，可以按照上一纳税年度应纳税所得额的月度或者季度平均额预缴，或者按照经税务机关认可的其他方法预缴。其中，纳入当地重点税源管理的企业，原则上应按照实际利润额预缴所得税，体现量能负担原则，最大限度地减少累计预缴税额与年度实际应纳税额之间的差异。一些企业由于生产上存在淡季、旺季现象，或者存在生产周期长，各个期间收入不稳定、按照实际利润额预缴有困难等情况，可以按照上一纳税年度应纳税所得额的月度或者季度平均额预缴所得税。按照以上两种方法预缴都不合理，应申请符合企业实际情况的预缴方法，经主管税务机关认可后执行。要注意的是，企业的所得税预缴方法一经确定，该纳税年度内不得随意变更。
企业所得税预缴基数为实际利润额。企业预缴的基数为“实际利润额”，而此前的预缴基数为“利润总额”。“实际利润额”为按会计制度核算的利润总额减除以前年度待弥补亏损以及不征税收入、免税收入后的余额，即按新规定，允许企业所得税预缴时，不但可以弥补以前年度的亏损，而且允许扣除不征税收入、免税收入。这在一定程度上减轻了企业流动资金的压力，能够更真实地反映企业的应税所得，体现了对纳税人权利的尊重，保障了纳税人的权益。
不征税收入应作纳税调减处理。收入总额中的不征税收入=财政拨款＋依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费＋政府性基金＋国务院规定的其他不征税收入。其中，国务院规定的其他不征税收入是指企业取得的，由国务院财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的财政性资金。对于税法上规定的不征税收入，在会计上可能作为损益计入了当期利润，按照《企业会计准则第18号———所得税》的规定，上述财务处理与税收差异不属于暂时性差异，在未来期间无法转回，应该归为永久性差异，在日常所得税预缴或年度所得税汇算清缴时，按照“调表不调账”的原则，企业应作纳税调减处理。
免税收入应视具体情况进行处理。企业的免税收入主要包括国债利息收入，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益，符合条件的非营利组织的收入。对于免税收入，可能形成永久性差异，也可能是暂时性差异，企业应视具体情况进行分析。
举例说明，A公司去年第三季度会计利润总额为200万元，其中包括国债利息收入20万元，企业所得税税率为25％，上年度未弥补亏损22万元；企业“长期借款”账户记载用于生产经营的借款：年初向中国银行借款100万元，年利率为6%；向B公司借款30万元，年利率为10%；计提固定资产减值损失5万元。不考虑其他纳税调整事项，A公司第三季度预缴所得税的基数为会计利润200万元，扣除上年度亏损22万元以及不征税收入和免税收入20万元后，实际利润额为158万元，应申报缴纳企业所得税39.5万元〔（200－22－20）×25%〕。对于其他永久性差异长期借款利息超支的12万元〔30×（10%－6%）〕和暂时性差异（资产减值损失5万元），季度预缴时不作纳税调整。
