问题一：跨地区经营汇总纳税企业，如何办理企业所得税优惠备案？
根据《国家税务总局关于发布《企业所得税优惠政策事项办理办法》的公告》(国家税务总局公告2015年第76号)规定：“第十四条 跨地区(省、自治区、直辖市和计划单列市)经营汇总纳税企业(以下简称汇总纳税企业)的优惠事项，按以下情况办理：
(一)分支机构享受所得减免、研发费用加计扣除、安置残疾人员、促进就业、部分区域性税收优惠(西部大开发、经济特区、上海浦东新区、深圳前海、广东横琴、福建平潭)，以及购置环境保护、节能节水、安全生产等专用设备投资抵免税额优惠，由二级分支机构向其主管税务机关备案。其他优惠事项由总机构统一备案。
(二)总机构应当汇总所属二级分支机构已备案优惠事项，填写《汇总纳税企业分支机构已备案优惠事项清单》(见附件3)，随同企业所得税年度纳税申报表一并报送其主管税务机关。
同一省、自治区、直辖市和计划单列市内跨地区经营的汇总纳税企业优惠事项的备案管理，由省税务机关确定。
......
第二十一条 本办法施行前已经履行审批、审核或者备案程序的定期减免税，不再重新备案。
第二十二条 本办法适用于2015年及以后年度企业所得税优惠政策事项办理工作。”
问题二：连锁经营企业增值税纳税地点是如何规定的？
根据《财政部 国家税务总局关于连锁经营企业增值税纳税地点问题的通知》 (财税字〔1997〕97号)规定：“一、对跨地区经营的直营连锁企业,即连锁店的门店均由总部全资或控股开设,在总部领导下统一经营的连锁企业,凡按照国内贸易部《连锁店经营管理规范意见》(内贸政体法字〔1997〕第24号)的要求,采取微机联网,实行统一采购配送商品,统一核算,统一规范化管理和经营,并符合以下条件的,可对总店和分店实行由总店向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税：
1.在直辖市范围内连锁经营的企业,报经直辖市国家税务局会同市财政局审批同意；
2.在计划单列市范围内连锁经营的企业,报经计划单列市国家税务局会同市财政局审批同意；
3.在省(自治区)范围内连锁经营的企业,报经省(自治区)国家税务局会同省财政厅审批同意；
4.在同一县(市)范围内连锁经营的企业,报经县(市)国家税务局会同县(市)财政局审批同意。
二、连锁企业实行由总店向总店所在地主管税务机关统一缴纳增值税后,财政部门应研究采取妥善办法,保证分店所在地的财政利益在纳税地点变化后不受影响涉及省内地、市间利益转移的,由省级财政部门确定；涉及地、市内县(市)间利益转移的,由地、市财政部门确定；县(市)范围内的利益转移,由县(市)财政部门确定。
三、对自愿连锁企业,即连锁店的门店均为独立法人,各自的资产所有权不变的连锁企业和特许连锁企业,即连锁店的门店同总部签订合同,取得使用总部商标、商号、经营技术及销售总部开发商品的特许权的连锁企业,其纳税地点不变,仍由各独立核算门店分别向所在地主管税务机关申报缴纳增值税。”
问题三：分支机构发生的资产损失，是由分支机构还是由总机构所在地主管税务机关申报扣除？
根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》(国税发〔2008〕28号)第三十七条规定：“分支机构的各项财产损失，应由分支机构所在地主管税务机关审核并出具证明后，再由总机构向所在地主管税务机关申报扣除。”
根据《国家税务总局关于发布<企业资产损失所得税税前扣除管理办法>的公告》(国家税务总局公告2011年第25号)第十一条规定：“在中国境内跨地区经营的汇总纳税企业发生的资产损失，应按以下规定申报扣除：
(一)总机构及其分支机构发生的资产损失，除应按专项申报和清单申报的有关规定，各自向当地主管税务机关申报外，各分支机构同时还应上报总机构；
(二)总机构对各分支机构上报的资产损失，除税务机关另有规定外，应以清单申报的形式向当地主管税务机关进行申报；
(三)总机构将跨地区分支机构所属资产捆绑打包转让所发生的资产损失，由总机构向当地主管税务机关进行专项申报。”
