问：我公司总部所得税主管机关为地方税务局，现在为了业务发展，在全国各省成立了很多独立核算的销售分公司，根据“国税发[2006]103号”第三条第二款规定“具备独立核算条件的，区别不同情况确定主管税务机关。其中，现有企业的主管税务机关是国家税务局的，由该分支机构所在地的国家税务局负责征收管理；现有企业的主管税务机关是地方税务局的，由该分支机构所在地的地方税务局负责征收管理。”根据“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”在总部汇算清缴所得税可会有影响？如果在别的省份的分公司所在地不执行“国税发[2006]103号”，我们在当地国税交所得税，对总部在地税进行年度所得税汇总清算，财政调拔库方面有什么影响？
答：根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法>的通知》的规定：（国税发［2008］第28号）
第七条 汇总清算，是指在年度终了后，总机构负责进行企业所得税的年度汇算清缴，统一计算企业的年度应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补税款。
第二十二条 总机构在年度终了后5个月内，应依照法律、法规和其他有关规定进行汇总纳税企业的所得税年度汇算清缴。各分支机构不进行企业所得税汇算清缴。
当年应补缴的所得税款，由总机构缴入中央国库。当年多缴的所得税款，由总机构所在地主管税务机关开具"税收收入退还书"等凭证，按规定程序从中央国库办理退库。
根据上述规定，分支机构在国税部门或在地税部门缴纳企业所得税并不影响年度的汇算清缴工作。
