我公司为境内企业提供商标经纪代理服务，向美国政府部门申请商标而支付的商标费是否可以差额扣除？

根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》的规定：：一、营改增试点期间，试点纳税人［指按照《营业税改征增值税试点实施办法》（以下称《试点实施办法》）缴纳增值税的纳税人］有关政策 
    （三）销售额。 
    …… 
    4.经纪代理服务，以取得的全部价款和价外费用，扣除向委托方收取并代为支付的政府性基金或者行政事业性收费后的余额为销售额。向委托方收取的政府性基金或者行政事业性收费，不得开具增值税专用发票。 
    上述凭证是指： 
    （4）扣除的政府性基金、行政事业性收费或者向政府支付的土地价款，以省级以上（含省级）财政部门监（印）制的财政票据为合法有效凭证。
    因此，经纪代理服务允许扣除的行政事业性收费应以省级以上（含省级）财政部门监（印）制的财政票据为合法有效凭证，国外支付的行政事业性收费不得差额扣除。