实践中，应当区分两种情况：
（一）先征后返（通常情况）
这种情况下，企业通常按照全额先行支付土地出让金，取得凭证金额也为全额，账务处理上体现的土地价值也为全额，取得的返款，按照会计准则的规定，属于政府的一种补助，通常计入“营业外收入”中。此种情况下，减免的土地出让金需要并入房产原值计征房产税
（二）直接减免
这种情况实践中较少发生，即为1000万元，企业实际支付的土地出让金为土地出让合同约定金额扣除减免金额后的净额即可取得土地使用权。在直接减免情形下，减免的土地出让金部分不构成计算房产税时的计税基础。
政策依据：
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第六十六条“无形资产按照以下方法确定计税基础：（一）外购的无形资产，以购买价款和支付的相关税费以及直接归属于使该资产达到预定用途发生的其他支出为计税基础。
《财政部国家税务总局关于安置残疾人就业单位城镇土地使用税等政策的通知》（财税〔2010〕121号）规定：“三、关于将地价计入房产原值征收房产税问题，对按照房产原值计税的房产，无论会计上如何核算，房产原值均应包含地价，包括为取得土地使用权支付的价款、开发土地发生的成本费用等。”
