此次规范性文件清理，因时限跨度长、文件数量多，清理任务较为繁重，为确保清理工作有质量、有实效，云南省国税局采取了以下工作措施：
一是高度重视清理工作。将规范性文件清理作为贯彻落实国务院《全面推进依法行政实施纲要》工作的一项重要内容，做到有专题会议部署、有清理工作方案、有组织机构保障、有工作职责和时限。注重清理工作中各职能部门的沟通、协调和配合，确保清理结果全面、彻底、准确。
二是严格清理工作范围。确定清理工作的范围为1994年税制改革以来截止到2006年底以前省、州、县国税局发布、转发或与其他部门联合发布的，对征纳双方具有普遍约束力的全部税收规范性文件，省、州、县党委、人大、政府及其他部门制发的涉税文件。
三是确定清理工作标准。将“有效性、简洁性、规范性”作为清理工作标准，逐文逐条进行清理，确保全部税收规范性文件及所有条款的准确性和规范化。
四是采取自上而下、先理后清的清理方法。在上级税务机关公布的清理结果基础上，先理顺本级税务机关制定的税收规范性文件，对照清理标准查找问题，提出清理建议。在不同税种的清理工作中，按照该税种的税制要素将所有文件进行初步分类，确定其中某一个基本规定较为全面的文件为清理基础，以此文件为基点按时间顺序向前或向后逐条清理；对同类问题做出规定的不同文件进行横向比较分析，进而得出准确的清理结果。
五是规范清理工作程序。清理工作按照部署准备、提出清理意见、分析评估、审议确认、发布上报5个阶段划定工作内容。各级国税机关均以集体审议的形式审议确认清理结果，并将清理结果通过办公自动化系统、电子政务网、办税宣传栏等形式对内、对外进行公布，及时告知全体执法人员及广大纳税人。
