国家对高新技术企业在税收方面是特别优惠的，一般企业的优惠其可享受，另外还有众多专门对高新技术企业的优惠。其中产业、行业政策优惠尤为突出，加上高新技术企业的设立地点、内外资形式都可选择，高新技术企业相比其他企业而言税收优惠的范围广，差别大，方式多，内容丰富，因此高新技术企业税收筹划的活动空间广阔，节税的潜力大。这些优惠主要反映在对高新技术企业生产经营有较大影响的流转税、关税和所得税中。
对高新技术企业的流转税优惠
(1)自2001年1月1日起至2010年底，一般纳税人销售其自行开发生产的计算机软件产品，可按法定17％的税率征收后，对实际税负超过3％的部分实行即征即退。所退税款由企业用于研究开发软件产品和扩大再生产。
(2)符合国家产业政策要求的国内投资项目，在投资总额内进口的自用设备(特殊规定不予免税的少数商品除外)，免进口环节的增值税。
(3)直接用于科学研究、科学实验和教学的进口仪器、设备，免进口环节的增值税。
(4)转让企业全部产权涉及的应税货物的转让，不征增值税。
(5)自2003年1月1日起，以无形资产投资入股，参与投资方的利润分配、共同承担投资风险的行为，不征营业税。在投资后转让其股权的也不征收营业税。
(6)对单位和个人(包括外商投资企业、外商投资设立的研究开发中心、外国企业和外籍个人)从事技术转让、技术开发业务和与之相关的技术咨询、技术服务业务取得的收入，免征营业税。
对高新技术企业的关税优惠
(1)对企业(包括外商投资企业、外国企业)为生产《国家高新技术产品目录》的产品而进口所需的自用设备及按照合同随设备进口的技术及配套件、备件，除按照国发〔1997〕37号文件规定《国内投资项目不予免税的进口商品目录》所列商品外，免征关税。
(2)对企业(包括外商投资企业、外国企业)引进属于《国家高新技术产品目录》所列的先进技术，按合同规定向境外支付的软件费，免征关税。
(3)直接用于科学研究、科学实验和教学的进口仪器、设备，免征关税。
对高新技术企业的所得税优惠
(1)具备条件的软件开发企业实际发放的工资总额，在计算应纳税所得额时准予扣除。
(2)企业研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的各项费用逐年增长，增长幅度在10％以上(含10％)的企业，可再按实际发生额的50％抵扣应税所得额。
(3)内资企业资助非关联的科研机构和高等学校研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的研究开发经费，经主管税务机关审核确定，其资助支出可以全额在当年度应纳税所得额中扣除。
(4)外商投资企业和外国企业资助非关联科研机构和高等学校研究开发经费，参照《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》中有关捐赠的税务处理办法，可以在资助企业计算企业应纳税所得税额时金额扣除。
(5)自2001年1月1日起，制药、食品(包括保健品、饮料)、日化、家电、通信、软件开发、集成电路、房地产开发、体育文化和家具建材商城等行业的企业，每一纳税年度可在销售(营业)收入8％的比例内据实扣除广告支出，超过比例部分的广告支出可无限期向以后纳税年度结转。
(6)从事软件开发、集成电路制造及其他业务的高新技术企业，互联网站，从事高新技术创业投资的风险投资企业，自登记成立之日起5个纳税年度内，经主管税务机关审核，广告支出可据实扣除。
(7)固定资产加速折旧：①对在国民经济中具有重要地位、技术进步快的电子生产企业、船舶工业企业、生产“母机”的机械企业、飞机制造企业、汽车制造企业、化工生产企业、医药生产企业和经财政部批准的企业机器设备。②促进科技进步、环境保护和国家鼓励投资项目的关键设备，以及常年处于震动、超强度使用或受酸、碱等强烈腐蚀的机器设备。③集成电路生产企业的生产设备。④外购的达到固定资产标准或构成无形资产的软件。
(8)凡在我国境内投资于符合国家产业政策的技术改造项目的企业，其项目所需国产设备投资的40％可从企业技术改造项目设备购置当年比前一年新增的企业所得税中抵免。
(9)在国务院批准的高新技术产业开发区内的高新技术企业，减按15％的税率征收企业所得税；新办的高新技术企业，自投产年度起免征企业所得税2年。
(10)企业事业单位进行技术转让，以及在技术转让过程中发生的与技术转让有关的技术咨询、技术服务、技术培训的所得，年净收入在30万元以下的，暂免征收所得税；超过30万元的部分，依法缴纳所得税。
(11)对设在西部地区国家鼓励类的内资企业和外商投资企业，在2001年至2010年期间，减按15％的税率征收企业所得税。
(12)生产型外资企业生产经营期在10年以上的，可从获利年度起的第一年和第二年免征所得税，第三年至第五年减半征收所得税。
由此看来，以上几个方面的税收优惠使得高新技术企业相对其他类型企业的税收法律环境更为宽松，税收筹划的空间更广阔，节税的潜力更强。对于高新技术企业而言，充分享受国家的税收优惠政策，用好用足，是税收筹划的核心。
