新《中华人民共和国增值税暂行条例》（以下简称《暂行条例》及《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》（以下简称《实施细则》）颁布后，财政部、国家税务总局下发《关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知》（财税[2009]9号）明确：
一般纳税人经营农产品（种植业、养殖业、林业、牧业、水产业生产的各种植物、动物的初级产品）、音像制品、电子出版物、二甲醚继续适用13%的增值税税率；
销售销售自己使用过符合条件的固定资产、旧货按照简易办法依照4%征收率减半征收增值税；
县级及县级以下符合小型水力发电单位生产的电力，纳税人以自己采掘的砂、土、石料或其他矿物连续生产的砖、瓦、石灰（不含粘土实心砖、瓦），用微生物、微生物代谢产物、动物毒素、人或动物的血液或组织制成的生物制品以及经营建筑用和生产建筑材料所用的砂、土、石料，自来水，商品混凝土（仅限于以水泥为原料生产的水泥混凝土）等可选择按照简易办法依照6%征收率计算缴纳增值税；
寄售商店代销寄售物品（包括居民个人寄售的物品在内），典当业销售死当物品以及经国务院或国务院授权机关批准的免税商店零售的免税品暂按简易办法依照4%征收率计算缴纳增值税。
并且规定：按简易办法征收增值税的不得抵扣其进项税额。同时根据《财政部国家税务总局关于全国实施增值税转型改革若干问题的通知》（财税[2008]170号）第四条规定：
2008年12月31日以前未纳入扩大增值税抵扣范围试点的纳税人，销售自己使用过的2008年12月31日以前购进或者自制的固定资产，按照4%征收率减半征收增值税；2008年12月31日以前已纳入扩大增值税抵扣范围试点的纳税人，销售自己使用过的在本地区扩大增值税抵扣范围试点以前购进或者自制的固定资产，按照4%征收率减半征收增值税。
而《暂行条例》第三条规定：“纳税人兼营不同税率的货物或者应税劳务，应当分别核算不同税率货物或者应税劳务的销售额；未分别核算销售额的，从高适用税率。”
咋一看，按这一规定核算没什么问题，因为增值税是按商品产品或应税劳务的销售额征税的，分别核算不同税率的销售额，就可以将高、低不同税率的产品或劳务分别征税，但在实际执行中却出现了一些问题：
一是低税率产品的进项税抵顶了高税率产品的销项税。
根据《暂行条例》第八条、《实施细则》第三十五条及《财政部、国家税务总局关于提高农产品进项税抵扣率的通知》（财税[2002]12号）和《财政部、国家税务总局关于增值税一般纳税人向小规模纳税人购进农产品进项税抵扣率问题的通知》（财税[2002]105号）规定：增值税一般纳税人购进初级农产品（简称农产品，下同。），不论是从农业生产者手中购买的还是从小规模经营者手中购买的，也不论是自己开具的收购票还是取得的普通票，一律按13%扣除率直接计算抵扣销项税额，根据《暂行条例》第八条规定，其计算公式为：
进项税额＝收购发票或普通发票开具的买价金额×13%。
而根据《暂行条例》第五条、第六条规定，销项税额的计算公式为：
销项税额＝含税销售额÷（1＋13%）×13%
由此可见，经营农产品计算提取进项税额和销项税额使用的税率都是13%，但由于税法为农产品交易额（实际交易时收付的货币总数，下同。）在不同购销环节设计的内涵不同，即：在农业生产者出售环节视为免税产品；在一般纳税人购进环节视为含税购进额（从小规模纳税人购进也视同从农业生产者购进），但可按交易额的13%直接计提进项税；在一般纳税人销售环节视为视为含税销售额，按剔除增值税后的金额计提销项税额。
因此，如果同数量的农产品、同样的交易额分别处在同一企业不同时间的购、销两个环节（即原价来原价走），由于计提的进、销项税金不同，再按《暂行条例》第四条“应纳税额＝当期销项税额－当期进项税额”的公式计算当期应纳的增值税，就出现了进、销项税额“倒挂”现象，如果企业同时有高税率（17%）的应税项目，就会抵减高税率项目应纳的增值税。
如；某企业购进玉米生产酒精，也经常将收购的玉米直接出售出去，2009年2月份，由于酒精滞销，库存已满，不能再继续生产，而当月购进的大量玉米时间长了就可能会发生霉烂变质，为此，决定将玉米按原购进价（计提进项税额之前价，下同。）销售给某饲料公司，结果2月份该企业共销售酒精450吨，价税合计2632500元，销售玉米3000吨，价税合计4407000元，当月购进煤、电、材料等进项税额合计640000元，其应纳增值税的计算结果如下：
应纳增值税＝2632500÷（1＋17%）×17%＋4407000÷（1＋13%）×13%－640000＝249500元。
从表面上的计算结果看，该企业2月份应缴纳增值税249500元，但从实际来看，销售的玉米是按原价销售的，即这批玉米的购入价就是4407000元，已计提进项税额572910元（4407000×13%），而它的销项税额只有507000元（4407000÷（1＋13%）×13%），进项大于销项65910元（572910－507000），如果将酒精和玉米的增值税分别计算的话，其结果如下：
酒精应纳增值税＝2632500÷（1＋17%）×17%－（640000－572910）＝315410元。
玉米应纳增值税4407000÷（1＋13%）×13%－572910＝－65910元
可见，该企业按原购进价销售玉米，虽然总的收入和付出货币量相同，企业没有受到损失，但由于进、销税额计算的政策不同，结果使该企业当期少缴纳增值税65910元（315410－249500）。也只有农产品的购销差达到13%时，计算出的进、销项税额才能够互抵，而如今的市场价格，农产品的差价率远远不到13%。
上述只是一个典型案例，在实际工作中，凡兼有农产品购销和工业生产加工的企业都存在类似少缴税款的情况。
二是有进项税额应税项目的进项税抵顶了无进项税额项目的应纳税额。
上述财税[2009]9号文件和财税[2008]170号文件之所以规定对一些特定项目按简易办法分别依6%、4%或4%减半征收增值税，并且不准抵扣进项税，说明在确定征收率时已考虑了购进时未抵扣进项税的因素，因此，从理论上讲，在销售时就不能再用购进其他货物的进项税进行抵扣了，应将其应纳税款单独计算、单独入库，但是，目前企业对不同税率应税项目的进、销项税额都是归集在一起核算的，在其他应税项目进项大于销项时，这部分应纳税款也就自然被其他项目的进项税抵消了，造成当期少缴税款甚至使其应纳的税款永久流失。
分析上述问题的原因，主要是《暂行条例》第三条规定不严，因为事实上企业对发生低税率的应税项目都是按照《暂行条例》第三条规定分别核算销售额的，只是没有分别核算进、销项税额，没有分别计算和缴纳应纳税款，因此，笔者认为应采取以下措施加以改进：
1、在税法对会计核算的要求上。将《暂行条例》第三条补充或者完善为“纳税人兼营不同税率的货物或者应税劳务，应当分别核算不同税率货物或者应税劳务的进、销项税额，分别计算和缴纳应纳税款；未分别核算的，从高适用税率。”这样执行起来就弥补了上述税款核算和计算及交纳上的漏洞。
2、在会计科目设置上。在“应交税费——应交增值税”和“应交税费——未交增值税”科目下按适用税率设置明细科目进行核算，并在“应交税费——应交增值税”明细科目下分设“进项税额”、“销项税额”、“未交增值税”、“进项税额转出”、“已交税金”、“转出未交增值税”、“转出多交增值税”等专栏进行登记，核算不同税率应税项目的相关资料。
3、在《增值税纳税申报表》的内容设计上。除按适用税率（征收率）申报销项外，还应对应申报该项收入应负担的进项税额，以此按上述公式计算不同税率应税项目应缴纳的增值税，也就是按照不同应税项目的适用税率（征收率）分项计算、申报和缴纳税款。
4、对征管信息系统的相关程序进行修改。上述政策和报表修改后，征管信息系统中的相关程序也应进行适当调整或修改，以保证申报工作的顺利进行。
5、零星业务的特殊处理。如果企业发生零星的低税率或按6%、4%及4%减半征收的税款，且无对应应抵扣的进项税额时，可将其应纳税款直接记入“应交税费——未交增值税”科目，在正式申报时不申报此项收入和应纳税款，于《增值税纳税申报表》报出后，再进行一次补充申报，据此交纳应缴纳的税款，以减少核算中的麻烦。(
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