1、增值税：
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号）附件3“营业税改征增值税试点过渡政策的规定”中有如下规定：
“一、下列项目免征增值税
（三十七）土地所有者出让土地使用权和土地使用者将土地使用权归还给土地所有者。”
相关文件解释：根据《国家税务总局关于单位和个人土地被国家征用取得土地及地上附着物补偿费有关营业税的批复》（国税函[2007]969号）中明确：“ 国家因公共利益或城市建设规划需要收回土地使用权，对于使用国有土地的单位和个人来说是将土地使用权归还土地所有者。
国税函〔2009〕520号明确“县级以上（含）地方人民政府收回土地使用权的正式文件”：包括县级以上（含）地方人民政府出具的收回土地使用权文件，以及土地管理部门报经县级以上（含）地方人民政府同意后由该土地管理部门出具的收回土地使用权文件。
另：根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）和《国家税务总局关于发布<纳税人转让不动产增值税征收管理暂行办法>的公告》（国家税务总局公告2016年第14号），一般纳税人的国有土地使用权被政府收回时，其取得的建筑物、构筑物的补偿收入，属于转让不动产的应税行为，应按照以下规定缴纳增值税：
（一）一般纳税人转让其2016年4月30日前取得（不含自建）的不动产，可以选择适用简易计税方法计税，以取得的全部价款和价外费用扣除不动产购置原价或者取得不动产时的作价后的余额为销售额，按照5%的征收率计算应纳税额。
（二）一般纳税人转让其2016年4月30日前自建的不动产，可以选择适用简易计税方法计税，以取得的全部价款和价外费用为销售额，按照5%的征收率计算应纳税额。纳税人应按照上述计税方法向不动产所在地主管地税机关预缴税款，向机构所在地主管国税机关申报纳税；
（三）一般纳税人转让其2016年4月30日前取得（含自建）的不动产，选择适用一般计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用为销售额计算应纳税额；
（四）一般纳税人转让其2016年5月1日后取得（含自建）的不动产，适用一般计税方法，以取得的全部价款和价外费用为销售额计算应纳税额。
（注：以上应注意取得的建筑物、构筑物的补偿收入应按规定缴纳增值税）
2、土地增值税方面:
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第八条，因国家建设需要依法征用、收回的房地产免征土地增值税。《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第十一条，因国家建设需要依法征用、收回的房地产，是指因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用的房产或收回的土地使用权。因城市实施规划、国家建设的需要而搬迁，由纳税人自行转让原房地产的，比照本规定免征土地增值税。
另据《财政部国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[ 2006] 21号）规定，因“城市实施规划”而搬迁，是指因旧城改造或因企业污染、扰民（指产生过量废气、废水、废渣和噪音，使城市居民生活受到一定危害），而由政府或政府有关主管部门根据已审批通过的城市规划确定进行搬迁的情况；
因“国家建设的需要”而搬迁，是指因实施国务院、省级人民政府、国务院有关部委批准的建设项目而进行搬迁的情况。符合上述免税规定的单位和个人，须向房地产所在地税务机关提出免税申请，经税务机关核准后，免予征收土地增值税。
3、企业所得税：
因政府城市规划、基础设施建设等政策性原因，企业需要整体搬迁（包括部分搬迁或部分拆除）或处置相关资产而按规定标准从政府取得的搬迁补偿收入或处置相关资产而取得的收入，以及通过市场（招标、拍卖、挂牌等形式）取得的土地使用权转让收入，按照《国家税务总局关于企业政策性搬迁所得税有关问题的公告》 国家税务总局公告2013年第11号，及《国家税务总局关于发布〈企业政策性搬迁所得税管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第40号）文件执行。
4、印花税：
根据《财政部国家税务总局关于印花税若干政策的通知》（财税[ 2006] 162号），对土地使用权出让合同、土地使用权转让合同按产权转移书据征收印花税。政府收回土地使用权不属于土地使用权出让、土地使用权转让，因此，合同双方不需要缴纳产权转移书据印花税。
5、契税：
根据《中华人民共和国契税暂行条例》及其实施细则的规定，政府收回土地使用权行为不属于契税征收范围，不征收契税。
注：（政策变动较快，以上整理内容应以最新政策规定为准，仅供参考！）
