首先，我们一起来了解一下税务稽查工作步骤。《规程》第六条规定：“税务稽查工作应当按照确定稽查对象、实施稽查、审理、执行等程序分工负责，互相配合，互相制约，以保证准确有效地执行税收法律、法规。”即税务稽查具体工作流程包含选案、实施稽查、审理、执行等四个部分。
一、选案。确定税务稽查对象是税务稽查的重要环节。《规程》第九条规定:“税务稽查对象一般应当通过以下方法产生：(一)采用计算机选案分析系统进行筛选；(二)根据稽查计划按征管户数的一定比例筛选或随机抽样选择；(三)根据公民举报、有关部门转办、上级交办、情报交换的资料确定。”稽查选案包括人工选案、计算机选案、举报、其他等内容。在实行人工选案时，一般都采用随机抽样法，它是按照概率规律抽取稽查对象的一种方法。计算机选案的指标主要有以下几个方面：分行业生产经营指标平均增长值分析、分行业财务比率分析、企业常用财务指标分析、流转税类选案分析、企业所得税税前限制列支项目指标分析、进出口税收指标分析、税收管理指标分析等。举报是税务机关发现案源最多的一种途径。其他选案方法指其他部门或是上级转办、交办等。
二、实施稽查。税务稽查实施阶段是税务稽查工作的核心和关键环节。税务稽查必须依照法律规定权限实施。税务稽查人员在实施稽查之前，除另有规定之外，应当提前以书面形式通知被查对象，向被查对象下达《税务稽查通知书》，并由收件人填写送达回证。税务人员在实施税务稽查时可以根据需要和法定程序采取询问、调取账簿资料、实地稽查、账外调查和异地协查等方式进行。税务稽查人员在税务查账时，应在《税务稽查底稿》上逐笔如实纪录稽查中发现的问题及所涉及的账户、记账凭证、金额等细节，全面反映此项稽查工作的情况。税务稽查实施终结，税务稽查人员应当认真整理检查资料，归集相关证据，计算补退税款，分析检查结果，提出处理意见，并根据立案查处、未经立案查处以及稽查中发现的问题等不同情况，决定实行一般工作程序或简易工作程序，并分别制作《税务稽查报告》、《税务处理决定书》或《税务稽查结论》。
三、审理。《规程》第三十七条规定：“税务稽查审理工作应当由专门人员负责。必要时可组织有关税务人员会审。”税务稽查审理是税务稽查对其立案查处的各类税务违法案件在实施稽查完毕的基础上，由专门组织或人员核准案件实施、审查鉴别证据、分析认定案件性质，制作《审理报告》和《税务处理决定书》或《税务稽查结论》的活动过程。
税务稽查审理主要包括违法事实是否清楚、证据是否确凿、数据是否准确、资料是否齐全；适用税收法律、法规、规章是否合法；是否符合法定程序；拟定的处理意见是否得当等内容。
审理终结有四种处理结果：同意《税务稽查报告》、补正《税务稽查报告》、不同意《税务稽查报告》、构成犯罪案件的移送处理。对税收违法行为的处罚，要根据《税收征管法》及其实施细则以及《发票管理办法》的规定进行处理。
四、执行。《规程》第四十六条规定：“税务执行人员接到批准的《税务处理决定书》后，填制税务文书送达回证，按照细则关于文书送达的规定，将《税务处理决定书》送达被查对象，并监督其执行。”税务稽查文书送达后，被查对象都要自动履行税务机关做出的法律文书所规定的义务，自动办理补报缴纳。逾期不履行的，税务机关将采取强制执行措施。税务机关对税务违法行为处理完毕后，应制作执行报告并交审理部门整理存档。属于公民举报的案件，还应依照有关规定做好奖励举报人的事宜。
其次，我们来了解一下税务稽查的查账方法。税务机关在实施税务稽查时通常使用的查账方法主要有顺查法、逆查法、全查法和抽查法等。顺查法是按会计制度的程序，从检查会计凭证开始，以凭证核对帐簿，再以帐簿核对报表来进行检查的一种方法。逆查法是从检查会计报表开始，以报表核对帐簿，再以帐簿核对凭证，来查清问题的一种检查方法。全查法是对被查纳税人一个时期的所有会计凭证、 帐簿和报表进行全面系统的检查。抽查法则是为弄清某一问题，有目的、有重点地从被查纳税人的凭证、帐簿或报表中抽出有关部分进行检查，对照企业帐簿记录，有针对性地进行检查。
最后，我们了解一下税务稽查的调查方法：一是观察法。在实施稽查时，检查人员通过查阅凭证和帐目进行大量观察，审查记载是否完备、真实、合理、合法，借以发现可疑之处，为进一步查证落实提供线索。二是查询法。在实施稽查时，检查人员通过当面或发函询问，以取得某些必要的资料，或证实某些 需要进一步查清的问题。三是盘点法。在实施稽查过程中，检查人员根据账簿记录对财产物资和现金、金银、有价证券进行实地盘点的方法。四是核对法。在实施稽查过程中，检查人员通过会计凭证、帐簿、报表以及实物相互核对来检查帐证、帐帐、帐实是否相符的一种方法。五是比较分析法。在税务稽查和审理环节，税务人员将企业报表或帐面资料的本期实际完成数同企业的各项计划指标、历史资料或同类型企业的相关资料 进行静态或动态对比的一种检查方法。六是控制计算法。在实施稽查和审理环节，税务人员用可靠的或科学测定的数据，利用数学等式原理来推测、证实帐面资料是否正确，从而发现问题的一种检查分析的方法。
