某公司取得了一块土地，当年在该块土地上就开发了一个项目，共计开发20栋楼，其中，12栋楼属于纯商业楼、8栋楼属于商住混合楼。在计算土地增值税时他们内部产生了分歧，有人认为可以按照项目进行统算（即20栋楼合并计算），也有人认为可以按照相同属性楼进行统算（即12栋纯商业楼进行合并计算，8栋商住混合楼进行合并计算）。根据他们对土地增值税税法精神的理解，对土地增值税的计算方法并无明确规定，造成理解因人而异，他们用几种计算方法分别计算了该项目土地增值税，出现了几种计算结果，而且各种方法计算结果差异很大。他们不知道哪个意见是对的。
对开发这种商住混合楼的缴税问题，《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字〔1995〕048号）规定：对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用土地增值税暂行条例第八条的免税规定。
由于税法只明确要求分开核算增值额，而对如何计算土地增值税没有具体规定，在实际征收计算中，就会形成两种甚至两种以上计算方法。如一是按核算项目先整体计算增值额和增值率，确定相应税率后，再按面积（或销售比例）分别核算增值额，计算土地增值税；二是先按面积分开项目计算增值额与增值率，再分别确定适用税率计算增值税。
举一个简单的例子说明：某房地产开发公司开发商住混合楼项目，商业项目面积1000平方米，普通标准住宅面积为5000平方米，合计6000平方米。该混合楼项目土地成本为120万元，房屋开发成本600万元，其他费用按比例扣除。假如该商业项目收入为500万元，普通标准住宅收入为500万元，合计1000万元，营业税金及附加55万元。
按第一种方法计算：扣除项目＝土地成本＋房屋开发成本＋费用扣除10％＋加计扣除20％＋税金＝120＋600＋（120＋600）×10％＋（120＋600）×20％＋55＝991（万元）。
增值额＝收入－扣除项目＝（500＋500）－991＝9（万元）。
增值率＝增值额÷扣除项目×100％＝9÷991×100%＝0.9％。低于50%，适用30%的税率。
由于增值率未超过20％，因此，普通标准住宅项目免税。
商业项目应纳的土地增值税为（按面积分摊增值额）：9×1000÷6000×30％＝0.45（万元）；
商业项目应纳的土地增值税为（按收入分摊增值额）：9×500÷（500＋500）×30％＝1.35（万元）。
按第二种方法计算：普通标准住宅扣除项目为＝120×5000÷6000＋600×5000÷6000＋（100＋500）×30%＋27.5＝807.5（万元）（除税金及附加外其他按面积分摊）。
普通标准住宅增值额＝500－807.5＝－307.5（万元），无增值额。
商业扣除项目＝120×1000÷6000＋600×1000÷6000＋（20＋100）×30%＋27.5＝183.5（万元）；
商业项目增值额＝500－183.5＝316.5（万元）；
商业项目增值率＝316.5÷183.5×100%＝172%，适用50%的税率；
商业项目应纳土地增值税＝316.5×50%－183.5×15%＝130.725（万元）。
两种方法计算结果相差悬殊，第一种方法应纳的土地增值税为4500元，按第二种方法应纳土地增值税为1307250元。
那么，哪一种计算方法更符合税法规定呢？《土地增值税暂行条例实施细则》第八条规定：土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。第一种土地增值税计算方法符合按“最基本的核算项目或核算对象为单位计算”的规定，而且计算出整体项目增值额后，按面积进行了增值额分摊，也符合财税字〔1995〕48号“分别核算增值额”的规定。后一种计算方法虽然符合税法“分别核算增值额”的规定，但是显然不符合“纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算”的规定。对此，各地规定可能有些不同，如江西省地方税务局就规定：纳税人开发的综合商品房，既有普通标准住宅，又有其他房地产开发建设的，先按基本核算项目计算增值额和增值率，确定土地增值税税率，再按不同项目的销售额比例划分增值额后，按规定征免土地增值税。
那么该公司首先要确定基本核算项目，计划开发项目是以整体20栋为一个项目，还是分别以商住楼和混合楼为项目，要以基本核算项目为土地增值税计算项目。其次，看当地税务机关是否依据国家税法规定，制定了具体的税收计算方法及规定，再结合本单位实际，在符合税法的前提下，正确的计算土地增值税收。
