指导原则指出，医疗卫生服务必须坚持公平、公正原则，从当地供需实际出发，向全体居民提供高质量的基本医疗服务；充分发挥医疗服务体系的整体功能和效益，避免无序甚至恶性竞争；医疗机构服务半径要易于群众；建立完善分级医疗、双向转诊的医疗服务体系；坚持非营利性医疗机构为主体，形成投资主体多元化、投资方式多样化的办医体制；遵循中西医并重的原则布局配置。
根据指导原则确立的框架，医疗机构的调整要以提高医疗服务工作效率和医疗系统整体功能为主要手段，满足增长的医疗服务需求。医疗资源利用率低的医疗机构要适当缩小规模，或与其他医疗机构进行重组和调整；医疗机构要扩大规模，应当考虑床位利用率、平均住院日等情况。同时，根据医疗服务需求、资源利用、疾病谱及疑难危重并发病情况，合理配置护士、医疗技术和设备。
指导原则提出，医疗服务体系中各级各类医疗机构的设置应当层次清楚、结构合理、功能到位，以利于发挥整体功能。在农村建立以县级医院为龙头、乡镇卫生院为骨干、村卫生室为基础的服务网络；在城市建立以社区卫生服务机构、大型综合医院(区域医疗中心)和专科医院为基础，门诊部、诊所等为补充的新型城市医疗卫生服务体系。
指导原则还要求各地大力发展中间性医疗服务和设施，包括医院内康复医学科、社区康复、家庭病床、护理院、护理站、老年病和慢性病医疗机构等，充分发挥基层医疗机构的作用，合理分流病人，以促进急性病医院(或院内急性病部)的发展。
