运输企业节税应该在确定营业额这点上下手，在合法的范围内尽量使其计税依据最小化。因为我们知道，境内运输企业直接用营业额乘以税率计算应纳营业税税款，所以，从事国内运输的企业，税率是已经定好了，几乎没有节税的余地，而节税的关键就在于营业额为多少的确定。
将货物或旅客从境内运往境外就是一种有效的节税方法。 《中华人民共和国营业税暂行条例》第五条规定：运输企业自中华人民共和国境内运输旅客或者货物出境，在境外改由其他运输企业承运乘客或者货物的，以全程运费减去付给该承运企业的运费后的余额为营业额。
运输企业将货物或乘客直接运往目的地，直接用营业额乘以税率计算缴纳营业税税金。但是如果运输企业先将货物或乘客运往境外某地，然后委托境外企业将货物或乘客从该地运往目的地。在这种情况下，符合《中华人民共和国营业税暂行条例》第五条的规定，以全程运费减去付给境外承运企业运费后的余额为营业额，然后依此计算营业税税款。这样，企业就可以进行税收筹划了。 根据以上分析，企业可选择两种方法进行筹划：一是直接在海外避税港成立一公司，该公司用于承接国内公司的国际运单国外运输部分，这样就可以将部分运输收入转移到国外，减少国内承运的营业额，直接降低缴纳的营业税，并且还可利用避税港的低税率降低所得税负担；二是与外国公司合作，道理一样，减少国内营业额，但企业须与对方取得亲密合作关系，并须衡量节税收益与分包费用孰重孰轻。 一个比较好的避税港选择就是香港，香港税制简单，对一般企业来说，只有16%的利得税，无需交纳其他税种。
举个例子说明（只考虑营业税）：天宇物流公司和光明运输公司签订一项货物运输合同。合同规定，光明运输公司负责将天宇物流公司的货物运往印度新德里，总运费为120000元人民币。光明运输公司先将货物运往香港，由光明（香港）运输公司（光明运输公司的香港关联公司）将货物运往新德里，同时支付运费80000元。光明运输公司该项业务应纳营业税为： （120000－80000）元×3％＝1200元
直接节省营业税2400元，节税率达2/3，节税效果非常明显。如果再考虑所得税问题，节税额将更大。
